В издаваемой в апреле – июле 1918 года ежедневной газете «Жизнь», редакция выступала с критической поддержкой советской власти, считая ее «исторически неизбежной», но одновременно отстаивала изначальные идеалы Октября, почти сразу же после прихода к власти преданные большевиками. К участию в «Жизни» Боровым были привлечены крупнейшие литераторы России, в том числе А.А. Блок, А. Белый, И.Г. Эренбург, И.С. Шмелев, М.И. Туган-Барановский, В.Я. Брюсов, А.Н. Толстой и другие. Газета была закрыта Моссоветом 9 июля 1918 года (после подавления неудачного восстания левых социалистов-революционеров против узурпаторов власти) наряду с другими небольшевистскими изданиями, а Боровой, как ее редактор, привлечен к судебной ответственности, но оправдан по всем трем инкриминированным ему делам.
Алексей Алексеевич Боровой (наряду с известными анархистами Черным и Солоновичем) был одним из руководителей Московской федерации работников умственного труда (попытавшейся в 1917 году объединить на принципах революционного синдикализма интеллектуальный пролетариат) и Московского союза идейной пропаганды анархизма. Именно к нему летом 1918 года приехал прежде всего Нестор Иванович Махно. На украинского анархиста лекция Алексея Борового произвела неизгладимое впечатление: «В особенности очаровало меня слово Борового. Оно было так широко и глубоко, произнесено с такой четкостью и ясностью мысли, и так захватило меня, что я не мог сидеть на месте от радости».
Алексей Алексеевич читал многочисленные курсы, всегда пользовавшиеся исключительным успехом, издал написанные второпях, но яркие и новаторские книги «Революционное творчество и парламент», «Анархизм», «Личность и общество в анархическом мировоззрении». Были переизданы и его «Общественные идеалы» и «Революционное миросозерцание».
К большевистскому режиму Боровой относился все более критически, находясь к нему в «легальной» оппозиции и не примыкая ни к «советским анархистам», ни к «анархистам подполья». После смерти Кропоткина (8 февраля 1921 года) Алексей Боровой участвовал в организации его похорон и выпуске однодневной анархической газеты, посвященной ему, а затем и в организации Всероссийского общественного комитета по увековечению памяти П.А. Кропоткина (ВОК) и Музея Кропоткина в Москве; был избран секретарем Научной секции ВОК.
В 1921 году отстраненный теперь уже деспотическим большевистским режимом от преподавания (осенью 1922 ему официально запретили заниматься преподавательской деятельностью; одновременно Главный ученый совет ПМГУ лишил его звания профессора). Теперь мыслитель работал в 1924–1929 годах экономистом-консультантом Московской товарной биржи. Он сосредоточился на деятельности в музее П.А. Кропоткина (был заместителем и другом Веры Фигнер – председателя Всероссийского общественного комитета по увековечиванию памяти П.А. Кропоткина), вел там ожесточенную полемику с мистическими анархистами, готовил новые статьи и книги (в том числе огромную рукопись «Достоевский» и «Разговоры о Живом и Мертвом» – сочинения, так до сих пор и не опубликованные), задумал огромную книгу «Этика анархизма» (этот план также не был осуществлен из-за ареста), участвовал в деятельности анархического подполья и эмиграции и руководил (вместе с географом анархистом Н.К. Лебедевым) работой анархо-синдикалистского кооперативного издательства «Голос Труда», выпустившего многие десятки либертарных книг. Совместно с Н. Отверженным (Булычевым) Боровой издал книгу «Миф о Бакунине», а в 1926 году под его редакцией вышел сборник – «Очерки истории анархического движения в России». В эту книгу, подытожившую историю российского анархизма и давшую последний бой торжествующей большевистской тирании, Боровой написал превосходную статью «Бакунин» – лучшее и по сей день изложение философских идей Михаила Александровича. Этот сборник фактически стал попыткой самореабилитации и подведения итогов российским анархизмом, попыткой синтеза его различных течений и попыткой последовательно (хотя неявно) оппонировать большевизму, узурпировавшему лозунги революции и социализма.
В 1921–1922 Алексей Алексеевич активно участвовал в работе Московского отделения Вольной философской ассоциации (Вольфилы), близкой левым с.-р., вместе с С.Д. Мстиславским возглавлял там кружок «Кризис форм общественных объединений (партий, союзов, обществ)». В 1922–1926 выступал с речами, докладами и лекциями на вечерах, посвященных Бакунину, Кропоткину, П.Л. Лаврову, А.А. Карелину, М.П. Сажину и Парижской коммуне, защищал в печати и публичных выступлениях от нападок образ и наследие Бакунина.
В апреле 1925 Боровой был избран товарищем председателя Исполнительного бюро ВОК. Выступления Борового и его товарищей нередко принимали форму открытого обличения большевистской диктатуры, как это произошло на юбилейных вечерах памяти Лаврова (в клубе левых с.-р. и максималистов 15 июня 1923 года) и памяти Бакунина (состоявшийся под председательством Борового в Политехническом музее 1 июня 1926 года) и вызывали ответную травлю анархистов в официальных изданиях.