Наличие большого числа одиночных, не вооруженных и не охраняемых транспортов способствовало тому, что уже в сентябре они потопили в Атлантике более 150 тыс. т торгового тоннажа. Ответом Англии было оперативное введение конвоев почти с самого начала войны. Уже 7 сентября из Англии вышел первый конвой, а для поиска и уничтожения подводных лодок на возможных путях их следования были расположены противолодочные дозоры авианосцев. Это было не самое лучшее применение столь ценных кораблей. 14 сентября авианосец «Арк Ройял» был неудачно атакован подводной лодкой U-39 у Гебридских островов. Выпущенные ею торпеды с магнитным взрывателем взорвались, не дойдя до цели. Подводную лодку потопили корабли охранения. Невысокое качество и многочисленные отказы магнитных взрывателей были характерны не только в германском флоте. С подобными проблемами в свое время столкнулись и американцы. Тем не менее три дня спустя другая подводная лодка, U-29, потопила авианосец «Корейджео со всеми самолетами. Немецкие подводные лодки отличились и в действиях против кораблей в базах. 14 октября подводная лодка U-47 под командованием капитан–лейтенанта Прина проникла в базу английского флота Скапа–Флоу и потопила линкор «Ройял Оук». Лодка прошла в базу в надводном положении над затопленными судами. Этому способствовали новолуние и то, что оба прилива приходились на темное время суток. Лодка прошла северным проливом Кёрк и направилась к юго–западной части бухты. Однако там кораблей не оказалось. Лодка повернула на север и обнаружила два больших корабля, которые она приняла за линкоры. Это был линкор «Ройял Оук» и старый авиатранспорт «Пегасус». Около 1 часа ночи U-47 с дистанции 16 кабельтов выпустила три торпеды из носовых аппаратов (четвертый аппарат не сработал, и торпеда не вышла), затем она развернулась и выпустила еще одну торпеду из кормового аппарата. В цель попала только одна торпеда из первого залпа. Лодка отошла для перезарядки торпедных аппаратов. Взрыв был несильным, и англичане подумали, что он произошел внутри корабля, но на всякий случай, будучи уверенными в недоступности своей базы, сыграли воздушную тревогу. Оценив обстановку и перезарядив торпедные аппараты, Прин вышел в повторную атаку и выпустил три торпеды. Все они попали в цель. «Ройял Оук» опрокинулся и затонул. На нем погибли 24 офицера и 809 матросов. Только после этого начался поиск подводной лодки, но, несмотря на сильное встречное течение, она благополучно покинула Скапа–Флоу тем же проходом и благополучно вернулась в Вильгельмсхафен. Успех операции объясняется слабостью обороны базы, что было отмечено самими англичанами. Хотя линейные корабли типа «Ройял Оук» были весьма устаревшими, имели малую (не более 21 уз.) скорость, недостаточное бронирование и зенитное вооружение и были скорее обузой, чем реальной силой, потеря корабля и большого числа людей стало трагедией для английского флота. Кроме того, корабли этого класса применялись, и достаточно широко, для осуществления блокады германского побережья. Например, для перехвата германского лайнера «Бремен», который находился в Нью–Йорке, была развернута восточнее Оркнейских островов целая эскадра, включавшая линкоры «Родней», «Нельсон» и линейный крейсер «Рипалс», не считая кораблей других классов, до авианосцев включительно. Однако операция закончилась безрезультатно. «Бремен», пройдя много севернее, пришел в Мурманск, где и отстоялся до наступления благоприятной для прорыва погоды. (На это он имел полное право, так как был гражданским пассажирским судном.) После чего благополучно прорвался в Германию. Помимо «Бремена» в различных нейтральных портах мира находилось большое количество транспортов, стремящихся прорваться в Германию. К их перехвату привлекались среди кораблей других классов и линкоры. Так, в сентябре в море находились две группы кораблей, имеющие в своих составах два линкора и три линейных крейсера. Всего с 7 сентября и до конца года северным патрулем было перехвачено 17 германских блокадопрорывателей.
Англичане предпринимали активные действия против немецких кораблей, для чего привлекали значительные силы авиации. Так, 12 сентября 29 бомбардировщиков атаковали линкоры «Шарнхорст» и «Гнейзенау», стоящие в Брунсбюттеле, но успеха не достигли. Тогда же на рейде Шиллиг был атакован «Адмирал Шеер» и получил незначительные повреждения не разорвавшимися тремя бомбами. В ответ немецкая авиация нанесла бомбовый удар по Скапа–Флоу и повредила старый и частично разоруженный линкор «Айрон Дьюк». Английские линкоры привлекались для прикрытия конвоев с железной рудой, следовавших из Норвегии. Так, 23 октября в прикрытие очередного конвоя вышли линкор «Родней» и линейный крейсер «Худ».