По выходе в отставку Михаил Николаевич жил в Петербурге частным человеком. О нем в это время как будто бы все забыли. А между тем в это же самое время мятеж и в Польше, и в Литве все более и более разгорался. Правительство же русское, угрожаемое соседями, ставшими на сторону поляков, не решалось принять энергических мер к подавлению мятежа; оно по большей части ограничивалось одними паллиативными мерами, а этим еще больше давало повод усиливаться мятежу, потому что поляки видели в этом слабость и бессилие русского правительства.
В Литве в это время был генерал-губернатором Владимир Иванович Назимов, человек честный, но слишком добрый и мягкий; он не только сам не предпринимал энергических мер к подавлению восстания, но не позволял и другим этого делать; поэтому справедливо некоторые говорят, что если бы управление Назимова Литвою продолжилось, то опасность для Русского государства была бы еще большая, потому что мятежный дух польской шляхты мог бы охватить и простой (сельский) народ, который, как известно, не принимал почти никакого участия в мятеже. Но он скоро был сменен, и место его занял Михаил Николаевич Муравьев.
Назначение М.Н. Муравьева генерал-губернатором Северо-Западного края, по словам брата его Андрея Николаевича, совершилось так: за два дня до призвания Михаила Николаевича к государю императору (это было 23 апреля 1863 г.), брат его Андрей Николаевич отправился к директору Азиатского департамента Н.П. Игнатьеву, чтобы взять отпуск на проезд в Киев. Будучи в весьма хороших отношениях с Н.П. Игнатьевым, они разговорились между собою о бедственном положении дел в Северо-Западном крае. Во время этого разговора Андрей Николаевич, между прочим, заметил, что если бы брата его Михаила Николаевича послали туда, то мятеж скоро был бы усмирен, так как Михаил Николаевич хорошо знает этот край по личному опыту. Игнатьев, зная ум, силу воли и энергию М.Н. Муравьева, вполне согласился с Андреем Николаевичем, но при этом спросил сего последнего: «Скажите, пожалуйста, как же сделать, чтобы вашему брату вручить правление Литвою, ведь он, если ему предложить это, не согласится, особенно после того, какие он перенес неудовольствия по министерству?» Андрей Николаевич поспешил на это ответить так: «Правда, брат не согласится принять управление Литвою, если это предложено ему будет каким-нибудь министром, но есть другой способ для этого, и он не откажется: пусть сам государь пошлет к нему фельдъегеря и скажет брату: «Муравьев! Отечество в опасности, спасай его», – и он, как честный человек и верный сын своего отечества, не может отказаться». Между тем, как происходил этот разговор, к Н.П. Игнатьеву явился курьер с требованием его к канцлеру Горчакову с бумагами, которые немедленно нужно канцлеру везти к государю императору. Н.П. Игнатьев стал собираться и укладывать нужные бумаги в портфель. Андрей Николаевич начал прощаться с Игнатьевым, но при этом сказал ему: «Вот ценная минута, воспользуйтесь ею и предложите брата канцлеру», – и они расстались. Н.П. Игнатьев действительно, как теперь известно, воспользовался этою минутою: он сказал Горчакову о М.Н. Муравьеве, а тот государю.
25 апреля 1863 г. Михаил Николаевич Муравьев был приглашен к государю императору, где ему было объявлено, что он назначается генерал-губернатором в Вильну с неограниченною властию, для подавления мятежа. Поблагодарив государя за оказанную честь и доверие, Михаил Николаевич по выходе от него немедленно стал собираться к отъезду.