Последнее действие революционеров к поддержанию в Литве мятежа со стороны Муравьева усилило энергию к окончательному и решительному подавлению мятежа, а в то же время и к отысканию как самого преступника, так и сообщников его. Преступник действительно скоро был арестован на вокзале и казнен. С ним вместе был арестован и его сообщник и также казнен. Такая быстрая поимка одного из кинжальщиков навела такой страх на главных деятелей литовского революционного жонда, что большая часть их бежала за границу. Здесь остались только немногие и притом второстепенные деятели: Долевский, Гажич, Дормановский, Зданович, Молоховский и Калиновский. Но и они скоро были пойманы и казнены, за исключением Калиновского, который бежал из Литвы в Белоруссию, именно в Минскую губернию.
Из главных деятелей революции в собственно Литве (т. е. губерниях Виленской, Ковенской и Гродненской) остался не пойманным и не удалившимся из сего края один только ксендз Мицкевич, человек необыкновенно ловкий, деятельный и фанатичный. Он пользовался большим влиянием в народе и беспрестанно формировал шайки. Ксендз этот продержался в Литве до ноября, но потом был пойман около Немана вместе с своим адъютантом и казначеем; все трое были повешены. После казни Мицкевича к началу ноября почти вся Литва была усмирена; дворяне ее одни пред другими спешили подать адресы с выражением верноподданнических чувств.
Упорнее других губерний держался мятеж, по словам самого Михаила Николаевича, в Белоруссии, именно в Минской губернии, среди тамошнего дворянства. Правда, там нельзя было вооружить столько шаек, сколько в Литве, потому что в Минской губернии, как и во всей Белоруссии, не слишком много шляхты, но тем не менее во всех лесах, где только возможно, а особенно в Борисовском и Игуменском уездах, сформированы были значительные шайки. В последнее время организатором тамошних шаек был Калиновский, бежавший туда из Вильны; но благодаря энергии жандармского полковника Лосева к концу ноября и в этой губернии мятеж был усмирен; Калиновский тоже скоро попался, привезен был в Вильну и также повешен.
По мере подавления мятежа в Северо-Западном крае М.Н. Муравьев со свойственною ему энергиею начал принимать меры и к очищению всех присутственных мест от польского элемента и заменять его русским. С этою целию он вызвал из внутренних губерний России множество опытных чиновников и поручил им разные должности. А затем он занялся обеспечением крестьян (вообще сельского населения). Для этой цели Михаил Николаевич пригласил в Вильну некоторых мировых посредников и других деятелей, более или менее знакомых с положением крестьян в этом крае и отношением их к панам. Образовал особую поверочную комиссию, предоставив ей право переделать так называемые уставные грамоты, которые польскими помещиками были страшно изменены. Последнее распоряжение Муравьева так благотворно подействовало на крестьян, что они сотнями стали присылать ему благодарственные адресы с выражением в них безграничной преданности и любви к государю императору. Во многих местах народ католического исповедания стал строить православные часовни во имя святого Александра Невского. В крае так ожили русские начала, что везде заговорили по-русски, а православные священники, бывшие в угнетении и почти рабском порабощении у ксендзов и польских панов, теперь стали пренебрегать своими прежними властителями.
Меры, направленные против польских панов относительно переделки уставных грамот, сильно подействовали на них. Паны упали духом. Но, несмотря на это, нашлись между ними такие, которые продолжали сноситься с мятежниками. Мало того, по словам Муравьева, между польскими панами, когда мятеж почти совершенно утих, оказались и такие, которые думали сформировать новые шайки, а иные даже и действительно успели в этом. Но чтобы не случилось вперед ничего подобного, Михаил Николаевич приказал сделать просеки в лесах, в уездах расставил жандармские команды человек в 30, 40 и 50 и в то же время сформировал сельские стражи, доходившие в некоторых местах до 1000 человек, а в заключение обложил всех польских помещиков 10 %-ным сбором в казну.
К концу ноября 1863 г. край был совершенно усмирен и по нему безопасно мог ездить всякий, о чем М.Н. Муравьев и донес государю императору, прося его при этом об увольнении, вследствие совершенно расстроенного здоровья, от управления краем. На свое донесение Михаил Николаевич удостоился получить рескрипт, в котором государь благодарил Муравьева за усмирение мятежа и при этом просил его остаться еще на некоторое время генерал-губернатором Северо-Западного края. Исполняя волю государя императора, Муравьев остался. С этого времени он занялся внутренним устройством Северо-Западного края в смысле прочного водворения в нем русской народности и православия. Таким образом, с ноября месяца в Северо-Западном крае начинается совершенно новый период управления Михаила Николаевича, период внутреннего спокойного преобразования края.