После установления советской власти правительство не ликвидировало сам институт муфтията, но пыталось оказывать влияние на выборы муфтия. После того как большевики упразднили Милли идаре и ограничили политические свободы, муфтият вновь стал единственным национальным учреждением для татар в стране, как это было в Российской империи. Духовное управление в Уфе выступило посредником между Москвой и мусульманским населением.
Существенно ограниченный в своих правах ЦДУМ в лице муфтия использовал любые возможности для отстаивания интересов подведомственных ему общин. В частности, в некоторых случаях обращения муфтия от имени Духовного управления в органы, контролировавшие соблюдение законодательства о культах, способствовали отмене или смягчению решений местных властей, направленных против муфтията и общин. В течение 1920‐х гг. муфтий Р. Фахретдин вел планомерную работу по консолидации большинства мусульманских религиозных обществ в стране под эгидой ЦДУМ. Однако многие инициативы провалились из‐за противодействия со стороны органов власти (как в Москве, так и на местах), стремившихся разделить мусульманские общины и ослабить Духовное управление.
В конце 1920‐х гг. прежняя политика советского правительства в отношении ислама изменилась. Мечети стали закрываться, религиозные объединения и служители исламского культа испытывали административное и экономическое давление. Некоторые муллы и муэдзины вынуждены были отказаться от своей деятельности, поскольку не могли содержать себя и семью[566]
. Часть бывших и действующих служителей культа уже во второй половине 1920‐х гг. подверглась репрессиям.Муфтий больше не мог повлиять на пересмотр неблагоприятных для верующих и Духовного управления решений партийных и советских органов. В середине 1930‐х гг. Фахретдин пришел к мысли расформировать муфтият, поскольку в существовавших условиях ЦДУМ не могло нормально функционировать и, соответственно, «служить интересам мусульман». Эту инициативу поддержал
Если бы намерение муфтия и его заместителя было реализовано, система управления мусульманскими религиозными делами вновь стала бы горизонтальной, как это было до учреждения ОМДС в 1788 г. Но вернуться в условиях тоталитарного государства к системе автономных независимых сообществ, не контролируемых или частично контролируемых властями, было невозможно.
Арест Тарджеманова и избрание муфтием Габдрахмана Расулева ознаменовали новый этап в развитии института муфтията. К началу 1940‐х гг. все нелояльные советскому режиму служители исламского культа были либо уничтожены, либо изгнаны, либо загнаны в подполье. Некоторые мусульманские религиозные деятели активно сотрудничали с политической полицией. Так называемые бродячие муллы подвергались преследованиям и репрессиям.
В 1948 г. был принят новый устав ЦДУМ, а сам муфтият переименован в Духовное управление мусульман европейской части СССР и Сибири (ДУМЕС). Новый устав зафиксировал ограниченный круг полномочий муфтията. За ДУМЕС сохранялись надзорные и статистические функции – такие, как контроль за назначением служителей исламского культа и сбор данных по мечетям и молитвенным домам.
Религиозная оттепель 1943–1947 гг. сменилась политикой сдерживания инициатив верующих по регистрации религиозных обществ и открытию культовых зданий. Лишь небольшому количеству общин удавалось быть поставленными на учет.
Одним из главных результатов антирелигиозной кампании конца 1950‐х – первой половины 1960‐х гг. стало значительное увеличение числа незарегистрированных религиозных общин. В последующие годы государство вынуждено было мириться с существованием так называемого параллельного ислама, не имея четкой модели взаимодействия с «бродячими» муллами и признававшими их авторитет группами верующих.
Муфтияты призваны были оказывать содействие СДР и другим контролирующим и регулирующим органам в борьбе с неофициальным исламом. Но муфтии (по крайней мере, в округе ДУМЕС), понимая, что государство не пойдет на регистрацию всех общин, были все же заинтересованы в их существовании. Причина была во многом экономическая: большинство этих не поставленных на учет общин признавали авторитет духовного управления и отправляли часть собранных денежных средств в Уфу. Суммы эти были сопоставимы с поступлениями от легально действующих религиозных объединений. Особенностью «параллельного ислама» в округе ДУМЕС было то, что не поставленные на учет служители исламского культа, в отличие от их коллег, действовавших на территориях, подведомственным другим советским муфтиятам, не находились в оппозиции к Духовному управлению и признавали его авторитет.