Наибольший ущерб человечеству в эпоху мрачного средневековья нанесло преследование еретиков духовенством. Под жестокими пытками оговаривали себя в колдовстве многие тысячи людей, преимущественно женщины. Жизнь они обычно заканчивали на кострах инквизиции. Свидетельство тому, помимо исторических хроник, изуверское произведение «Молот ведьм», опубликованное в 1487 г. членами ордена доминиканцев, инквизиторами Германии монахами Яковом Шпренгером и Генрихом Инститорисом. А. М. Горький писал, что это «самая позорная из всех гнусных книг, когда — либо написанных хладнокровными фанатиками». Третья часть этого «произведения» подробно описывает порядок допросов и изощренные способы пыток, которым подвергались несчастные, заподозренные инквизицией в связи с дьяволом.
Костры инквизиции полыхали не только в Западной Европе, где особенно сильно было влияние католической церкви, но и в Восточной. Так, в Тотьме (Русь) в 1674 г. была по приговору православной церкви сожжена в срубе при многочисленных свидетелях женщина Феодосья по обвинению в «порче». Перед казнью она заявила, что никого не портила, а «поклепала на себя при допросе, не стерпя пытки».
В средние века средством предупреждения ложных показаний и борьбы с ними, помимо пыток, являлась «очистительная присяга». Законодателем также уделялось внимание гарантиям получения правдивых сведений при осуществлении правосудия. Так, во Франции в многочисленных королевских указах (ордонансах) нередко встречаются правила, регламентирующие порядок получения показаний. Еще в орданансе Людовика IX (1260 г.) второй пункт вменяет судьям в обязанность предупреждать каждого, обвиняющего кого — либо в убийстве, о том, что, если его обвинение не подтвердится, он будет подвергнут наказанию, установленному для убийц. В ордонансе Людовика XII (1498 г.) специальная статья (113) подробно регламентирует допрос е применением пытки. Она производится в присутствии секретаря, заносящего в протокол имена присутствующих, порядок применения пытки, ее возобновление, если оно имело место, количество воды, даваемой допрашиваемому во время пыток, вопросы, задаваемые обвиняемому и его ответы на них, изменил ли он свои показания и т. д. Здесь же отмечалось, что на второй день после допроса под пыткой обвиняемый должен быть вновь допрошен, но не в том месте, где производилась пытка, для проверки его показаний. Указ запрещал повторное применение пытки без появления новых улик.
Эдикт Франциска I (1539 г.) окончательно завершил развитие системы королевского розыскного процесса во Франции, пришедшего на смену процессу обвинительному. Уголовный процесс делился на «ординарный» и «экстраординарный». Обязательным условием последнего было широкое применение жестоких пыток к обвиняемому. Однако нередко мучительные пытки к обвиняемому, не признающему себя виновным, применялись и в ординарном процессе. В литературе описан случай, имевший место в XIV в. в Форезе (Франция), когда пытка с целью вырвать признание была применена к дворянину Марку де Буази, обвинявшемуся в убийстве своего дяди. Несмотря на то, что процесс являлся ординарным, обвиняемого пытали во время допроса. Не выдержав мучений, он скончался, причем у него оказался сломан спинной хребет и вырвана рука. Можно представить, насколько бесчеловечны были пытки экстраординарного процесса, который распространялся на рецидивистов и разных преступников, объединенных в шайки.
К середине XVI в. в целом закончилось формирование теории легальных доказательств розыскного процесса. Большое внимание уделяется получению доброкачественных свидетельских показаний. Не признаются в качестве свидетелей дети до 14 лет, безумные, глухонемые от рождения и «бесчестные» люди. К последним относятся лица, ранее судимые, ведущие аморальный образ жизни и занимающиеся «бесчестной» профессией. Не достаточно полноценными (вызывающими сомнения в их правдивости) считались показания женщин (церковный суд, в отличие от светского, вообще не допускал женщин к свидетельству), слуг, дающих показания в отношении своих господ, и родственников — в отношении своих близких, соучастников преступления — в отношении друг друга. Правда, применительно к государственным преступлениям показания всех лиц, принимались к сведению судом.
Кроме того, королевский прокурор во Франции имел право выдвинуть против обвиняемого показания людей «бесчестных» после применения к ним пытки. Естественна, что в результате пытки нередко в совершении преступления оговаривались невиновные люди.
Теория легальных доказательств считала достаточными уликами совершения обвиняемым преступления наличие против него не менее двух свидетельских показаний. Официально не придавалось значения высказыванию допрашиваемым догадок, мнений, предположений. Наличие в показаниях существенных противоречий расценивалось как признак лживости. Если показания взаимно опровергали друг друга, они отбрасывались.