Может показаться странным и непонятным решение Миклухо-Маклая, человека вольнолюбивого и мечтающего о народном государстве, оставить Западную Европу и работать в царской России. Ему определённо не нравилось государственное устройство Российской империи, хотя во многом устраивало русское общество с его гуманистическими традициями. А на Западе при более значительных политических свободах было немало такого, что вызывало у него отвращение. Он убедился, что здесь, по словам Герцена, «распоряжается всем купец», а духовная жизнь тускнеет.
Впрочем, ещё раньше Пушкин проницательно подметил: «С изумлением увидели демократию в её отвратительном цинизме, в её жестоких предрассудках, в её нестерпимом тиранстве. Всё благородное, бескорыстное, всё возвышающее душу человеческую, подавлено неумолимым эгоизмом и страстию к довольству (comfort)...» Сказано это было про Северо-Американские штаты, но Западная Европа с торжеством буржуазного духа являла собой то же самое.
Николай Миклухо-Маклай постоянно помнил о своей родине ещё и потому, что оттуда, прежде всего от его близких, он получал и материальную, и моральную поддержку. Свои первые путешествия, так же как учёбу, он смог осуществить только благодаря помощи семьи. Его родные во многом отказывают себе ради этого. Мать была практически разорена. Сестра Оля, ставшая художницей, болела туберкулёзом, но не могла уехать лечиться на курорт. Незадолго до своей смерти она написала брату:
Она уже пишет о себе в прошедшем времени, не сомневаясь, что брату суждено бессмертие в памяти человечества. А учёный, конечно же, не мог не винить себя в тех лишениях, на которые обрекал семью. Самому ему приходилось несравненно труднее. Когда вернулся в Сингапур после второго пребывания на Берегу Маклая, то был изнурён и истощён до крайних пределов. Надо было расплатиться с долгами и лечь в больницу. Пришлось заложить все научные коллекции и материалы. Вырученных таким образом денег оказалось недостаточно. Его выдворили из больницы.
Николай Николаевич проводил время в сингапурском порту, едва передвигаясь и порой теряя сознание. Положение его было безнадёжным. Надеяться было не на что. Спасла счастливая случайность: его увидел и узнал итальянский географ и ботаник Бекари, который написал Александру Мещёрскому:
Нет, сломить Миклухо-Маклая оказалось не так-то просто. Несмотря на все испытания, новые болезни, а временами полный упадок сил, исследователь вновь и вновь поднимался на ноги, продолжая свои работы.