В 1709 году, со слов очевидца событий, «вода была великая на Москве, под каменной мост, под окошки подходила, и с берегов дворы сносила и с хоромами и с людьми, и многих людей потопила, также и церкви многие и у Иоанна Войнственника за Москвою-рекою церковь Божию потопило». Также, существует народная легенда, согласно которой Петр I, проезжая по Якиманке, увидел, что церковь стоит в воде и к ней подъезжают прихожане на лодках. Узнав, что это храм Иоанна Войнственника, царь воскликнул: «Это наш патрон! Скажите священнику, что я бы желал видеть храм каменный и на возвышении у самой Большой улицы, дам вкладу и пришлю план». Через два месяца он сам приехал с планом и, увидев, что начали уже завозить материал для строительства, похвалил священника. А в книге для вписания вкладов якобы написал: «Вклад даю триста рублей. Петр». Имя батюшки, принявшего во имя Божие вклад Петра Великого, – отец Алексий Федоров (ск. 1731 г.). 3дание храма возведено в 1704–1713 годы[1], в царствование Петра Великого. Предполагаемый автор проекта – архитектор Иван Зарудный.
Храм никогда не закрывался для богослужения и не был в обновленчестве.
Храм расположен на Славянской площади, в Зарядье, недалеко от Китай-города. Несмотря на значительный уровень культурного слоя (отчасти снят с северо-востока), церковь продолжает определять архитектурный облик Славянской площади. Практически под самым храмом устроен вход на станцию метро «Китай-город».
Первая деревянная церковь на этом месте была построена во времена Дмитрия Донского. В русских летописях под 1365 годом при описании большого московского пожара (получившего впоследствии название Всесвятского), церковь Всех Святых упоминается как уже существующая. По другой версии самая известная в Москве Всехсвятская церковь одна из древнейших в городе, была основана, по преданию, великим князем Дмитрием Донским: вернувшись с победой с Куликовской битвы в 1380 году, он немедленно приказал построить храм в память о русских воинах, павших на поле сражения. Исторически оправданная версия о значении слова «кулишки» относит его происхождение именно ко временам самого Дмитрия Донского и Куликовской битвы. От названия местности, где состоялось славное сражение русского воинства – Куликова поля – и произошло имя московских Кулишков, Она отнюдь не единственный московский храм, поставленный в память о Куликовской битве и в благодарность за победу. Доподлинно известно, что в память о ней же был возведен собор Рождества Богородицы Рождественского монастыря, который основала вдова участника Куликовской битвы, князя Андрея Серпуховского. И в самом Кремле в 1392 году в благодарность за победу на Куликовом поле появилась церковь Рождества Богородицы с приделом св. Лазаря, основанная великой княгиней Евдокией – как известно, битва состоялась в праздник Рождества Богородицы. Стоит ли говорить, что эта кремлевская чудом уцелела до нашего времени, и является сейчас древнейшим сохранившимся храмом Москвы.
В 1991 году здание было возвращено Русской Православной Церкви.
В 1998 году подворье Александрийской Православной Церкви было перенесено из Одессы в Москву и разместилось в церкви Всех Святых на Кулишках.
Афонское подворье при церкви Никиты за Яузой возобновленное в Москве в 1992 году Новая ограда возведена в 1996. Часовня Пантелеймона Целителя устроена в правой башенке у Святых ворот. С левой стороны ворот – вторая часовня, освященная во имя Силуана Афонского.
Главный монастырский Храм – Церковь Святого Великомученника Никиты на Швивой горке – возведена в камне в XVI веке (первое упоминание в летописи относится к 1476 г., на его месте построен новый каменный храм предположительно 1586 г. или 1595 г.). Позднее, уже в ХХ-м веке, при подворье были построены еще две церкви: Церковь Всех Святых Афонских и Церковь Всех Святых Афонских при братском корпусе. Несмотря на практически одинаковые названия, это две разные церкви, первая – отдельно стоящее здание справа от Храма Великомученника Никиты сразу перед входом в монастырь, вторая – в глубине монастырской территории, в монашеских корпусах.
В предвратных башнях перед Святыми вратами обустроены часовни Святого Великомученника Пантелеймона (левая башня, если смотреть со стороны улицы) и Преподобного Силуана Афонского (правая со стороны улицы).
Крупное здание в византийском стиле выстроено в 1881-83 гг. для афонских святынь, бывших в малопоместительной часовне у Богоявленского монастыря. Освящена 2 июня 1883 г. Принадлежала Русскому Пантелеймоновскому монастырю на Афоне. Закрыта в 1932, через год сломана.