Папа Лев X в 1521 году заключил союз с Карлом V против французов, и Джованни вскоре принял участие в битве при городке Ваприо д’Адда. Он переправился через бурлящую реку, контролируемую французами, и обратил их в бегство, прокладывая путь в Павию, Милан, Парму и Пьяченцу. Через два года новый папа из династии Медичи, Климент VII, выплачивает Джованни все долги своего кузена Льва X и взамен требует полной преданности. Понтифик велит ему перейти на сторону французов, с которыми он заключил соглашение против императора. Джованни не участвовал в той битве при Павии, когда Франциск I попал в плен. Он был ранен в ногу выстрелом из аркебузы в предыдущем сражении около этого города, и ему пришлось отправиться на лечение в Венецию. Там военачальник провел несколько месяцев и после этого уехал ненадолго в замок Треббио в Муджелло – навестить жену и сына. Но Джованни быстро возвращается на службу, он не может долго жить без войны.
Из Муджелло кондотьер отправляется в Рим, где в 1526 году спасает папу Климента VII. На Ватикан напал отряд Помпео Колонны, злейшего врага Климента, и Джованни со своей армией отразил это нападение. Тем временем Франциск I освобождается из плена и создает Коньякскую лигу против Карла V. Джованни вынужден сражаться на стороне французов по договоренности с папой, но силы неравны, и победителем в сражениях выходит армия императора. Главнокомандующий Коньякской лиги Франческо Мария делла Ровере бросает Милан перед лицом превосходящих сил противника – армии императора во главе с Георгом фон Фрундсбергом. В это время Джованни сумел отразить наступление арьергарда ландскнехтов при слиянии рек По с Минчией. Но вечером 25 ноября 1526 года он был ранен в ногу чуть повыше колена выстрелом из пушки-фальконета в сражении близ маленького городка Говерноло. Его перевозят в Мантую для лечения, но начинается гангрена, и ногу приходится ампутировать. Пьетро Аретино, присутствующий при этих событиях, пишет, что когда Джованни узнал о гангрене, он сам приказал немедленно ампутировать ему ногу. Анестезии не было, и врач привел восемь мужчин, чтобы они держали кондотьера. Но тот заявил, что и двадцати воинов не хватит, чтобы удержать его. Потом он велел принести свечу и сам держал ее над своей ногой, пока ее пилили. Как только закончилась операция, Джованни успокоился. Он решил, что исцелен, и спокойно заснул. Но на следующий день ему стало хуже, гангрена распространялась дальше, и Джованни послал гонца за женой и сыном. Он чувствовал, что ему осталось недолго.
Его сыну Козимо было всего семь лет, и это был один из тех редких случаев, когда он виделся со своим отцом. Джованни обнял сына и попросил присутствующего при этом герцога Урбинского Франческо Мария делла Ровере научить мальчика быть смелым и справедливым. После этого полководец простился со всеми своими друзьями, исповедовался и попросил вынести его на улицу на свежий воздух. Как только носилки с Джованни коснулись земли, он скончался – 29 ноября 1526 года в возрасте 28 лет. Его похоронили в Мантуе прямо в доспехах, а в конце XVII века останки военачальника перевезли во Флоренцию и перезахоронили в церкви Сан-Лоренцо. Будучи уже герцогом Флоренции, Козимо I Медичи заказал памятник отцу своему придворному скульптору Баччо Бандинелли, чтобы увековечить его память. Оригинал этого монумента со статуей самого полководца на пьедестале до сих пор находится на площади перед фасадом базилики Святого Лаврентия.
Джованни делле Банде Нере был рожден для войны и умер на войне. Он был последним кондотьером, который сражался в доспехах – в эпоху артиллерии необходимость в них отпала, доспехи не защищали от пушечных ядер. Их продолжали использовать, но уже только для парадов и турниров.
Пьетро Аретино после смерти друга переехал жить в Венецию, самый удаленный от Папской области город, где он спокойно мог продолжать писать свои сатиры и памфлеты. Там наступил расцвет его творчества, он стал очень популярен благодаря остроумию и язвительности. На него работал целый отряд шпионов, которые доставляли ему самые свежие новости о придворных и государях. Однажды Пьетро заказал медаль, на одной стороне которой был его портрет, а на другой он же изображен сидящим на троне, в длинной императорской мантии, а перед ним толпа владетельных государей, приносящих ему дары. По кругу была выгравирована надпись: «Государи, собирающие дань с народов, приносят дань своему рабу». Его смерть в возрасте 64 лет была случайной и нелепой: говорят, он так сильно захохотал над чьей-то грязной шуткой, что откинулся на спинку стула, упал и ударился головой о каменный пол. Или, по другой версии, упал так неудачно, что сломал себе шею.