В налоговом учете применяются аналогичные способы списания стоимости материальных ценностей, израсходованных при оказании услуг. Выбранные способы списания стоимости должны быть раскрыты в учетной политике медицинского учреждения и в целях бухгалтерского и в целях налогового учета. Следует отметить, что такие виды материальных ценностей, как инструменты, спецодежда и хозяйственный инвентарь, относятся к предметам труда. После их списания на процесс оказания услуг необходимо обеспечить дальнейший контроль за их движением, который осуществляется по данным аналитического учета в количественном выражении в разрезе материально ответственных лиц. После полного износа данных предметов труда, когда они приходят в негодность и не могут участвовать в процессе оказания услуг дальше материально ответственные лица должны составить акт на списание изношенных ценностей (инструментов, спецодежды или хозяйственного инвентаря) по утвержденной руководителем организации форме (унифицированная форма такого документа не разработана).
В налоговом учете такие ценности принимаются в момент их передачи на оказание услуги (подп. 3 п. 1 ст. 254 Налогового кодекса РФ).
Особенностью учета затрат медицинских учреждений является их учет не только по элементам затрат, но и по видам услуг. Для того чтобы обеспечить такое разделение учета, прежде всего необходимо разделить затраты на прямые и косвенные, т. е. определить состав затрат, относящихся непосредственно к данной услуге, и затрат, относящихся ко всему процессу оказания услуг и управленческим нуждам в целом.
Так, в состав прямых затрат включаются цена медикаментов и инвентаря, зарплата врачей, стоимость услуг сторонних организаций, а также расходы на ремонт и амортизация медицинского оборудования. Прямые расходы учитываются на счете 20 «Основное производство» аналогично общепринятому порядку учета затрат на производство.
В состав косвенных расходов включаются арендная плата за используемые помещения и оплата услуг связи, заработная плата управленческого персонала и прочие затраты. Эти расходы отражаются по счету 26 «Общехозяйственные расходы». В конце отчетного периода косвенные затраты подлежат списанию на себестоимость оказанных услуг по их видам пропорционально полученной выручке, прямым затратам или фонду оплаты труда в зависимости от выбранного и закрепленного учетной политикой способа.