Следует отметить, что Реввоенсовет с первых дней своего существования стал оправдывать надежды, которые на него возлагались. Только в результате его создания армия вообще начала походить на армию. Объединение центральных органов снабжения и административного управления дало такие результаты, которых и сами члены Реввоенсовета не ожидали. Впервые удалось наладить учет личного состава армии, организовать более тесную связь с подчиненными органами. Начала вестись политическая работа в армии. Раньше, на Ростовском фронте, ее организацию взял на себя Исполком фронта, но за отсутствием подготовленных работников, он с задачами не справлялся, а после Кубанского отступления и совсем самоустранился от этого дела. Удалось также наладить некоторый порядок в деле снабжения войск и в создании подотчетности, чего раньше вообще не было. До того времени в военном Комиссариате Северо-Кавказской республики всеми этими вопросами занимался один Турецкий, который разрывался на части, но ничего не мог поделать, т. к. с административным центром и главным штабом связан не был, да, как известно, и один в поле не воин.
Армейский аппарат с каждым днем налаживался все лучше, и, несмотря на некоторые трения с командным составом, особенно когда ужесточились требования по вопросам отчетности и дисциплины, авторитет Реввоенсовета еще более повысился. Такая слаженность была крайне необходима, если иметь в виду те серьезнейшие задачи, которые предстояло решать по директиве Южного фронта. 7-го октября Реввоенсовет приступил к обсуждению ее требований. Особое внимание при этом обращалось на то, что армии предстояло одновременно наступать в двух противоположных направлениях — на Ростов и на Грозный. Правда, по этому сразу же выявились серьезные разногласия, однако их преодолели, и был принят план, предложенный Сорокиным. Он заключался в том, чтобы предварительно развернуть наступление на Ставропольском направлении, имея в виду дальнейшее движение на Ростов, а наступление в сторону Грозного начать с Георгиевского боевого участка в направлении Прохладная-Моздок.
После этого штаб армии начал соответствующую принятому решению перегруппировку войск. Одновременно велась и реорганизация самой армии. Реввоенсовет издал приказ, согласно которому командующим таманскими частями и Белореченским участком фронта было необходимо отправить свои войска на станцию Невинномысская, а остальным отойти на линию Ахметовская, Упорная, Урупская, Армавир и закрепиться на ней.
С этим планом, когда он предлагался командованием армии еще в виде замысла, не были согласны командующий Таманской армией И.И. Матвеев и командующий Белореченским участком фронта Г.А. Кочергин. План отступления в район Невинномысской они считали ошибочным и хотели наступать в направлении на Кавказскую-Тихорецкую с последующим развитием удара на Екатеринодар. Главный смысл их предложения сводился к тому, чтобы вернуть утраченную территорию Кубани. В случае неудачи они предлагали пробиваться на Царицын, для соединения с 10-й армией, как это недавно сделал Жлоба. Однако Сорокин и Реввоенсовет были полны решимости выполнить приказ Южного фронта. К тому же, очевидно, строптивость Матвеева и Кочергина им порядком надоела. Начиналась серьезная борьба с партизанщиной, которая только начала более-менее утверждаться в армии, и подрыв устоев дисциплины бесследно уже пройти не мог. 17-го октября Реввоенсовет войск Северного Кавказа преобразовался в Реввоенсовет 11-й армии и он подтвердил ранее принятые планы.
Не получив от командующего Белореченской группой войск подтверждения о том, что тот приступил к выполнению приказа Реввоенсовета 11-й армии, Сорокин объявил его вне закона «за неоднократный отказ выполнить приказания». Узнав об этом, Кочергин выехал в штаб армии для объяснений. В сопровождении нескольких командиров и военного комиссара Белореченской группы Аскуравы он прибыл в Пятигорск, где сразу же был арестован.
Над Кочергиным состоялся суд военно-полевого трибунала. В деле фигурировали составленные наспех документы, правильность и достоверность которых оспаривали присутствовавшие на суде в качестве свидетелей Аскурава и командиры Белореченской группы войск. Тем не менее, суд постановил отстранить Кочергина от командования войсками и провести дорасследование по его делу. У Кочергина было мало шансов оправдаться, грозил расстрел, но ему все же удалось спастись. В своих воспоминаниях он рассказал как это было.