И.М. Милославский, воспользовавшись тем, что большинство бояр в страхе перед восставшими разбежались из Кремля, 18 мая присоединил к двум остававшимся в его руках приказам (центральным ведомствам) еще три военных приказа, сосредоточив под своим управлением казну и верные правительству вооруженные силы. Но его противники быстро опомнились: через два дня думское большинство лишило Милославского финансовых приказов, через неделю он потерял Пушкарский, а 5 июля – Рейтарский и Иноземный приказы, был вышвырнут из дворца и, «как бы подземный крот», скрылся в свои вотчины, навсегда простившись с политической карьерой. Возглавляемая им группировка не могла остаться без лидера – и он уже появился. Это был наиболее образованный, здравомыслящий и сильный духом член царской фамилии – царевна Софья Алексеевна. Защищая интересы своего клана и его клиентов, она в самые бурные дни Московского восстания одна оказалась способной отстаивать интересы самодержавия, лично говорила с восставшими, обещала им всевозможные уступки, организовала выплату стрельцам и солдатам огромных денег, принимала разнообразные меры для приведения гарнизона в повиновение правительству, которое оставалось пока бессильным и, по существу, взятым восставшими в плен.
Царевна Софья играла огромную роль в спасении феодального государства, но не имела никаких формальных прав на власть. Девушка издревле считалась «зазорным лицом», исключенным из публичной деятельности, а царевна не смела появляться вне узкого круга домашних. За судейские кресла (руководитель приказа с высоким придворным чином именовался судьей) и влияние в Боярской думе продолжалась ожесточенная борьба, хотя победители уже вырисовывались. Быструю карьеру делал Василий Васильевич Голицын, лично возглавивший Посольский и шесть связанных с ним приказов, распространивший свое влияние на некоторые другие ведомства через близких к нему людей. Могущественный клан Одоевских за полтора месяца вдвое увеличил число подведомственных ему приказов и занимал уже восемь судейских кресел. После Голицына и Одоевских современники называли имена знатнейших князей Черкасских и бояр Шереметевых. Среди приказных деятелей все более заметную роль играл Федор Леонтьевич Шакловитый – мелкий брянский дворянин, сделавший блестящую карьеру. После работы подьячим в Приказе тайных дел (1673–1675 годы) он стал дьяком Разрядного приказа (1676 год), а 27 августа 1682 года в чине думного дьяка возглавил это важнейшее военное ведомство России, сочетавшее функции Генерального штаба и министерства обороны. Судью в этот приказ намеренно не назначили.
Альянс с царевной Софьей, которая искала возможностей активнее влиять на администрацию, давал преуспевающим в борьбе за власть лицам необходимого союзника во дворце, при государях, причем такого, который не мог сам покуситься на практическую власть, как это делали Матвеев, Милославский, Языковы – Лихачевы – Апраксины и тому подобные. Союз был взаимовыгоден: по мере укрепления нового альянса (известного как правительство регентства) власть Наталии Кирилловны Нарышкиной и стоящих за спиной Петра царедворцев «умалялась», царевна Софья занимала при дворе все более видное место, а ее союзники в Думе и приказах приобретали новые чины и должности.
Ожесточенная борьба в Кремле затмевалась другой, гораздо более масштабной и значительной схваткой. Московское восстание не утихало. Оно распространилось на десятки городов и уездов. Более того, при всем своем монархизме стрельцы, солдаты, пушкари, ямщики и другие «служилые по прибору», посадские люди (горожане) не склонны были надеяться исключительно на доброту царя. Широчайший политический резонанс получило в России строительство на Красной площади памятника в честь победы восстания. Правительство вынуждено было допустить, чтобы со всех четырех сторон памятного «столпа» были написаны обвинения против «изменников-бояр и думных людей», наказанных восставшими правителей, «чтоб впредь иные… чинили правду». Непривилегированные служилые сословия и податное население городов добились «жалованных грамот», подчеркивающих их роль в государстве, обещающих справедливое управление и приравнивающих «неправду» правителей к государственной измене.