Более, чем 75% из 2500 построенных на двух государственных авиазаводах МиГ-19 относились к модификации С. Серийное производство завершилось в конце 1957 года, несколько раньше, чем планировало МАП. Это было связано с поступлением на вооружение МиГ-21 (Fishbed по классификации НАТО) и органическими недостатками МиГ-19, которые невозможно было исправить. Поэтому ГАЗ-21 в Горьком переключился на выпуск МиГ-21, и ГАЗ-153 в Новосибирске - на производство истребителей Су-9. Постоянной проблемой всех модификаций МиГ-19 был перегрев силовой установки, вызванный близким расположением двигателей РД-9Б. На протяжении всего периода эксплуатации МиГ-19 много самолётов было потеряно из-за пожара силовой установки. Пилотам запрещалось использовать двигатели на полной тяге или форсаже больше времени, чем это оговаривалось в руководстве по лётной эксплуатации. Нарушение этого правила легко приводило к фатальным последствиям. Ещё одну проблему представляла гидросистема самолёта. При полёте на полном форсаже гидравлические трубы между маслобаками и двигателями РД-9Б начинали тереться об обшивку фюзеляжа. Согласно руководству по эксплуатации эти трубы полагалось менять каждые два года, но из-за хронического дефицита запасных частей этой процедурой зачастую пренебрегали. В результате, после определенного полёта, происходило усталостное разрушение, и вытекающая из гидросистемы жидкость вызывала пожар или взрыв, что практически всегда приводило к потере самолёта.
Топливные баки тоже служили источником неприятностей. При длительной эксплуатации резиновый протектор разрушался, что приводило к утечке топлива, которое скапливалось под двигательным отсеком. Техникам предписывалось проверять хвостовой отсек на предмет подтёков. Если этого по каким-либо причинам не делалось, то в полете лужица топлива начинала испаряться и газовоздушная смесь могла взорваться Обычно эта проблема решалась заменой штатных баков на изготовленные в местных мастерских.
Процедура запуска двигателя на МиГ-19 требовала особого подхода. Сначала определялось направление ветра. Если ветер дул слева, то первым запускался правый двигатель, а если справа, то первым стартовал левый РД-9Б. Это было связано с тем, что воздухозаборник не обеспечивал достаточного количества воздуха для одновременного запуска двух двигателей. В некоторых частях советских ВВС был принят "неофициальный" способ запуска, который быстро был взят на вооружение и за пределами СССР, в других странах Варшавского Договора, где эксплуатировались МиГ-19. Сначала запускался топливный насос, который создавал лужу топлива в камере сгорания. После этого запускали стартер, создававший воздушный поток внутри двигателя. И, самый важный элемент: кто-то из техников бросал горящую тряпку в выхлопную трубу. В большинстве случаев РД-9Б сразу запускался. Хотя МиГ-19С были довольно быстро выведены из частей первого эшелона, они, вместе с некоторым количеством МиГ-19ПМ, состояли на вооружении ещё в начале 70-х годов. Так в 1970 году в частях Фронтовой авиации и Авиации ПВО СССР числилось около 350 машин.
МиГ-19С экспортировался в разные страны. Все новые самолёты этого типа, поставленные за рубеж, были построены на ГАЗ-21 в Горьком. Кроме того, большое число подержанных МиГ-19 из состава советских ВВС было отправлено на экспорт после того, как в передовых частях их стали заменять МиГ-21. Только три страны-участницы Варшавского Договора - Болгария, Чехословакия и ГДР, получили на вооружение МиГ-19С.
В июле 1957 года первая группа болгарских, чешских, польских и румынских пилотов и техников прибыла в учебный центр в Савастлейке, около Горького. Это были первые иностранцы, которых предстояло переобучить на МиГ-19С и МиГ-19П. После теоретической подготовки пилоты совершали контрольные полеты на МиГ-15УТИ и МиГ-17Ф, после чего, в начале августа, они приступили к полётам на МиГ-19С.