В усовершенствованную систему управления включили необратимый бустер БУ-14МС и автомат регулировки управления АРУ-2, счётно-решающее устройство которого в зависимости от высоты и скорости полёта регулировало отклонение стабилизатора и нагрузку на ручку управления. Установка этой системы потребовала оснастить самолёт гаргротом сверху фюзеляжа, в котором проходили линии управления. Кроме того установили резервную электромеханическую систему АПС-4 на случай полного выхода из строя гидросистемы. Ещё одним внешним отличием стала маленькая антенна сверху хвостовой части фюзеляжа.
Конструкция хвостового оперения была полностью переработана для установки цельноповоротного руля высоты. Рулём высоты осуществлялось управление только по тангажу. Руль направления имел весовую компенсацию. МиГ-19 имел два располагавшихся рядом воздухозаборника у основания стабилизатора, а на СМ-9/3 (и МиГ-19С) остался только один. На СМ-9/3 был удалён приёмоотвегчик СОД-57 по правому борту, а площадь форкиля несколько увеличена. Воздухозаборник с правой стороны форкиля сдвинули назад, а обтекатель системы "Сирена-2" на киле увеличили в размере.
Первоначально СМ-9/3 имел такой же руль направления, как и серийный МиГ-19, но в процессе заводских испытаний его площадь уменьшили. В таком виде руль направления использовался в дальнейшем на всех серийных самолётах. В начале испытаний СМ-9/3 нес знаки национальной принадлежности на задней части фюзеляжа и киле, но затем звезды с фюзеляжа исчезли.
Новый самолёт оснастили третьим под-фюзеляжным тормозным щитком, одновременно ограничив угол отклонения боковых щитков. Это было сделано, чтобы избежать резкого заброса на большие углы атаки, возникавшего, когда зона разряжения от выпущенных щитков меняла характер обтекания горизонтального оперения.
СМ-9/2 был доставлен в Жуковский в начале сентября и 16 числа его поднял в воздух ГА. Седов. Программу заводских испытаний провели Седов, Г.К. Моссолов, К.К. Коккинаки и В.Л. Нефёдов. В ходе этих испытаний Г.К. Моссолов достиг на СМ-9/2 скорости М 1,462 на высоте 9300 м.
За СМ-9/2 последовал СМ-9/3, который доставили в Жуковский 26 августа 1955 года. К.К. Коккинаки впервые поднял эту машину в воздух 27 ноября 1955 года. За исключением мелких деталей СМ-9/3 был очень похож на МиГ-19С раннего выпуска.
Оба опытных самолёта участвовали в заводских испытаниях и позже были переданы ЛИИ. Испытания показали, что управляемость самолёта заметно улучшилась, а лётные характеристики остались почти такими же, как у МиГ-19, особенно в том, что касалось его скорости и скороподъемности. После завершения государственных испытаний опытные машины передали НИИ ВВС для проведения войсковых испытаний.
МиГ-19С (FARMER С)
Вскоре после того, как Министерство Авиационной промышленности дало добро на выпуск новой модификации, первые серийные МиГ-19С сменили МиГ-19 на сборочных линиях ГАЗ-21 и ГАЗ-153. Последний строил старую модификацию до июня 1956 года, параллельно с новой - обычная ситуация для советского авиапрома. Согласно решению МАП МиГ-19С получил закрытое обозначение "изделие 26".
Между опытным СМ-9/3 и МиГ-19С первых серий существовал ряд внешних отличий. Радиодальномер СРД-М установили снизу носовой части фюзеляжа по левому борту, над отсеком передней стойки шасси. Круглый люк на левой стороне воздухозаборника увеличили в размерах. На машинах поздних серий СРД-Ш заменили более совершенным радиодальномером СРД-3 "Град". На МиГ-19С раннего выпуска над воздухозаборником устанавливался фотокинопулемет АКС-3М, который на более поздних самолётах заменили на АКС-5.
Изменился и состав вооружения самолёта. Вместо пушек НР-23 в корневой части крыла установили 30-мм пушки НР-30. Такую же пушку установили вместо 37-мм НР-37Д в носовой части фюзеляжа. Боезапас НР-30 составлял 70 снарядов на ствол, а скорострельность достигала 900 выстрелов в минуту. В то время пушка НР-30 считалась одной из самых современных - она была принята на вооружение советских ВВС в 1954 году. Первые серийные МиГ-19С оснащались прицелом АСП-5, который позже заменили АСП-5М. На машинах позднего выпуска устанавливался усовершенствованный прицел АСП-5Н-В3.
Обычно истребители несли на подкрыльевом пилоне балочный держатель БД-3-56 с 760-литровым топливным баком, но на него могли подвешиваться и бомбы весом до 250 кг. На съемных пилонах рядом с нишей основных стоек шасси могли устанавливаться контейнеры ОРО-57К с восемью неуправляемыми ракетами C-5.