В правление Юстиниана культура все еще включала в себя области, непроницаемые для христианства. Вплоть до 560‐х годов языческие профессора в Афинах господствовали в интеллектуальной жизни образованных классов. Их христианские соперники могли только покрыть тонким слоем ортодоксии платонизм, который находился твердо в руках язычников. Философские традиции, которые греческие и сирийские христианские учителя философии передали арабам в VII–VIII веках, были все еще определенно языческими. Самоанализ многих ортодоксальных исламских и католических интеллектуалов в Средние века восходит к не поддававшемуся ассимиляции язычеству платоновской Академии в Афинах времен Юстиниана.
В результате академическая жизнь эпохи ознаменовалась отчаянным противостоянием. Иоанн Филопон, эксцентричный христианский профессор в Александрии, нападал на последних язычников за то, что, согласно их верованиям, небеса божественны и неуничтожимы, – и в этом он предвосхищает Галилея в некоторых аргументах в пользу преходящей, материальной природы звезд: и сам он защищался против христианских «фундаменталистов», доказывая, что земля – круглая и что землетрясения происходят от давления пара.
Кроме того, основанием культуры светских высших классов продолжали служить классические авторы. Стихотворения, написанные на классическом наречии в VI веке, являлись лучшими из созданных греками под римским владычеством, и они были совершенно языческими по настроению. В трудах Прокопия христианство видится только через матовое стекло классической истории, созданной по образцам Геродота и Фукидида. Везде, где находились богатые покровители, боги сохранялись в искусстве – на коптских тканях, в резьбе; и во времена Ираклия Силен все еще гоняется за нимфами на серебре богатых жителей Константинополя.
Самодержавие Юстиниана роковым образом ослабило аристократический базис позднеантичной культуры: традиционная бюрократия была ослаблена единоличным правлением; независимая жизнь провинциальных городов, откуда веками набиралась греческая ученая знать, была истощена в результате централизации. Упадок независимой элиты античного склада последовал незамедлительно: в конце VI века культура правящего класса империи в конце концов перестала отличаться от христианской культуры обывателя. Атмосфера нетерпимости, выразившаяся в жестоких наказаниях иудеев и немногих оставшихся язычников, показывает, как нормы римского права уступают давлению общественного мнения. Это эпоха – еще и золотой век византийской агиографии. Написанные на простом, но все еще сносном греческом, эти жития святых являлись триумфом «обывательской» культуры. Их теперь читали все византийцы, начиная с императора. Истории о чудесах в «Беседах» Григория Великого – латинский вариант такого феномена: в них в последний раз мелькнул римский Сенат, с любопытством изучающий чудотворные свойства гробницы.