Политические баталии стали окрашиваться кровью. Между Арменией и Азербайджаном фактически шла война с использованием стрелкового оружия и артиллерии вокруг Нагорного Карабаха, следствием которой стали этнические депортации, погромы на национальной почве. Союзная власть, утратив контроль в начале конфликта, в январе 1990 г. ввела войска в столицу Азербайджана, пытаясь препятствовать приходу к власти Народного фронта во главе с А. Эльчибеем. В феврале 1990 г. массовые демонстрации начались в столице Таджикистана Душанбе. Демонстранты попытались разгромить здание ЦК Компартии Таджикистана, начались погромы русского населения. Был введен комендантский час, милиция и войска МВД применили оружие, были убитые и раненые. Кровавый характер приобрели стычки в окрестностях городов Ош и Узген между киргизами и узбеками. Обе стороны применяли огнестрельное оружие, в результате чего погибли свыше тысячи человек. Для подавления конфликта вновь были использованы войска.
После принятия Деклараций о государственном суверенитете в ряде союзных республик возникли новые очаги конфликтов. В Грузии возникла проблема Абхазии, Южной Осетии, Аджарии. Новое руководство, заявив о желании выйти из состава СССР, категорически отказывалось признавать их автономный статус.
Абхазия и Южная Осетия, в свою очередь, проведя референдумы, заявили о повышении своего государственного статуса и о преобразовании в республики в составе СССР, т.е. о своем выходе из состава Грузии. Ответом стали постоянные конфликты между грузинами и осетинами, грузинами и абхазами. Подразделения национальной гвардии Грузии в январе 1991 г. попытались занять Южную Осетию, но в результате трехнедельных стычек были вынуждены ее покинуть. Грузия применила против Южной Осетии энергетическую блокаду.
Иной характер приобрел конфликт в Молдавии. Там с 1988 г. звучали требования принятия закона о государственном языке, которым был объявлен молдавский, нарастал конфликт между молдавским, с одной стороны, и русским и украинским населением Приднестровья — с другой. На демонстрациях в Кишиневе звучали лозунги «Молдавия для молдаван», «Чемодан — вокзал — Россия». Ответом стало создание в сентябре 1990 г. Приднестровской Молдавской Советской Социалистической Республики и новый этап обострения конфликта Кишинева с русскоязычным Приднестровьем.
Для руководства СССР национальные проблемы выходили на первый план. Предполагаемым рецептом сохранения единства страны должен был стать, по мнению ЦК КПСС, новый Союзный договор, который создал бы юридическую основу для сохранения Советского Союза в его прежнем составе. Эта тема была вынесена на декабрьский (1990) Пленум ЦК КПСС. М.С. Горбачев заявил: «КПСС выступает за сохранение и радикальное обновление Союза. Это не тактический ход и не уступка кому-то под давлением обстоятельств, а принципиальная позиция партии». Участники Пленума высказались в пользу скорейшего заключения нового Союзного договора, что не изменило настроения в республиках, которые уже последовательно шли к независимости.
Рассуждения официальной пропаганды о том, что СССР формировался как целостный организм и его распад приведет к тяжелым последствиям, что 75 млн человек живут за своими этническими границами, что сохранение СССР находится в русле общечеловеческих ценностей, в атмосфере ожидавшихся перемен не работали.
Литва. Советские войска против демонстрантов.
С первых дней января 1991 г. в Литве были подняты цены. Действия правительства К. Прунскене вызвали недовольство части населения. Прокоммунистическое движение «Единство» попыталось возглавить недовольных, начались митинги протеста, были предприняты попытки захватить здание Верховного Совета Литвы. Действия «Единства» вызвали поддержку руководства СССР. 8 января 1991 г. председатель Совета Национальностей Верховного Совета СССР Р.Н. Нишанов обвинил руководство Литвы в сепаратизме, «выразил обеспокоенность» сложившейся в Литве ситуацией.8-9 января в Литву были переброшены бойцы спецподразделений КГБ СССР, воздушно-десантные войска, приведены в боевую готовность подразделения Советской Армии, дислоцированные в Литве. Руководитель промосковского крыла литовской компартии Ю. Ермолавичюс объявил о создании в Литве Комитета национального спасения, который берет на себя всю полноту власти в республике. В ответ на это председатель Верховного Совета Литвы В. Ландсбергис заявил, что «любая марионеточная просоветская власть не имеет никакого законного основания, и любые ее решения абсолютно необязательны для граждан Литвы». В ночь с 12 на 13 января десантники начали штурм телевизионной башни в Вильнюсе. В городе появились баррикады, были убитые и десятки раненых.