В конце 1938 года Лкеда вступил в ожесточенную схватку с министром внутренних дел (адмиралом) Суэцугу Нобумаса из-за попыток провести в жизнь статьи 6 (контроль над ла-борами) и 11 (ограничение на дивиденды и принудительные займы) закона о мобилизации. Суэцуги придерживался мнения, что если правительство собирается контролировать людей, то оно должно контролировать и капиталистов. Икэда не удалось полностью предотвратить это, но, как отмечает Тидеманн, "в будущем контроль над капиталом будет ужесточен, но Икэда заложил основу для того, чтобы сделать контроль над деловыми кругами самым легким из всех в военной экономике". "В результате этой борьбы Икэда был вынужден покинуть кабинет министров, а в январе 1939 года правительство Иэноэ ушло в отставку в пользу правительства Хиранумы, которое было консервативным, но не обязательно выступало за государственный контроль.
Для того чтобы устранить недостатки системы TMCB, а также для того, чтобы MCI в своей деятельности в большей степени соответствовало тому ошибочному представлению, которое было дано ему генеральным штабом экономики, Мурасэ в начале 1939 года полностью реорганизовал Министерство торговли и промышленности. Несмотря на отсутствие симпатий к контролируемой экономике, реформа Мурасэ, по иронии судьбы, стала самым важным структурным изменением MCI в направлении усиления контроля до создания МИТИ. Маэда Ясуюки утверждает, что вертикальные бюро Мурасэ, организованные по отраслям промышленности, были самым ценным наследием военных лет; а бывший заместитель министра МИТИ Кумагаи Йослифуми (1968-69) считает, что промышленная политика сама по себе является синонимом промышленных бюро; без них министерство не было бы достаточно близко к промышленности, чтобы осуществлять реальное руководство или контроль, и могло бы достичь не более, чем общей экономической политики. В "Истории монетарной политики" МИТИ говорится, что после реформы MCI уже стало министерством боеприпасов, хотя официально оно не получило этого названия еще четыре года".
Мурасэ упразднил Временное бюро координации материалов, Бюро коммерческих дел, Контрольное бюро (преемник Временного бюро промышленной рациональности после 1 мая 1937 года) и несколько других подразделений. Он объединил их функции в одну мощную координирующую и формирующую политику организацию - Бюро общих дел, от которого и произошел современный Секретариат МИТИ. Кроме того, Мурасо взял специализированные секции бюро по промышленным делам и горному делу и объединил их в одну.
В результате не удалось создать внутреннюю структуру МИТИ - все еще требовались Бюро по предпринимательству (созданное в 1942 году), функции КСП и абсолютный контроль над торговлей, - но MCI после 1939 года по форме и ориентации был гораздо ближе к аппарату промышленной политики эпохи быстрого роста, чем MCI с 1925 по 1939 год.
За эти усилия Мурасэ получил от своего политического начальства увольнение. Осенью 1939 года возник ряд проблем, которые привели к серьезной перестановке кадров в MCI. Во-первых, становилось очевидным, что одно лишь мобилизационное планирование материалов не поможет преодолеть промышленные слабости Японии, которые ежедневно обнажались в ходе войны в Китае. Признавая это, новый кабинет 17 января 1939 года принял "Общий план расширения производственного потенциала" (Seisanryoku kakujü keikaku yökô), который был подготовлен в КСП на основе идей, впервые выдвинутых манхтинскими плановиками в 1936 году. Результатом стало подробное четырехлетнее предложение по развитию пятнадцати отраслей промышленности в Японии, Маньчжурии и Китае. Это были сталь, ком1, легкие металлы, цветные металлы, нефть и нефтяные сиб- ституты, сода и промышленные соли, сульфат аммония, целлюлоза, добыча золота (для получения иностранного экс- ланса), станки, подвижной состав, корабли, автомобили, шерсть и электроэнергия. Проблема с планами заключалась в том, как их реализовать: через самоконтроль промышленности, частно-государственное сотрудничество или государственный контроль? Эти вопросы обсуждались на протяжении всего 1939 года и в конечном итоге привели к принятию в 1940 году Новой экономической структуры - части японской версии "Нового порядка".