Александро-Невская лавра в 1991 году еще не была монастырем. Скорее всего, передача церкви такого серьезного экономического и земельного объекта светскими властями и не предполагалась. В лавре было много номерных заводов, институтов, лабораторий, которые были засекречены, и все они давали немалый доход. Да и отношения церкви и государства были в большей степени на словах, чем на деле. Именно поэтому, приехав на новую кафедру, владыка Иоанн, не встретившись ни с главой и администрацией города, не отдав дань светских визитов, поспешил в Свято-Троицкий собор, прося молитвенной помощи у святого благоверного Александра Невского. Вопрос же о передаче Лавры Русской Православной Церкви стоял тогда крайне остро. Впереди владыке предстояла очень большая, трудная работа – молитва, общение и убеждение.
Алексанро-Невская лавра все-таки была передана Русской Православной Церкви. Но случилось так, что передана она была ценою жизни владыки Иоанна. Это здание гостиницы «Северная Корона», построенное на скандальные деньги, около Иоанновского монастыря, и стало тем местом, где Святитель взошел на свою Голгофу.
Вспоминает Анна Степановна Иванова – секретарь владыки Иоанна. «Когда владыка собрался уходить на эту встречу с Собчаком, то уже около двери библиотеки повернулся к нам и, положив правую руку на сердце, с поясным поклоном проговорил: "Ну, благословите меня!" Валюша – его врач, немного замешкавшись, ответила: "Господь вас благословит, Владыко", – и тихонько перекрестила его вслед. Мне тогда эта просьба владыки о благословении запала в душу какой-то тревожной занозой. Я и сейчас иногда думаю: "Неужели владыко знал, на что он идет?!" Наверное, все-таки знал. Помню я такой случай. Сидим мы однажды за столом, и каждый что-то вспоминает. Кто, кому, что предсказал, кто сколько проживет. Мне же никто ничего не предсказывал, я и сижу молча – слушаю. А владыка так тихонько, почти про себя: "Ну, если по маме, – так очень осторожно – то, на 69 году". Сказал-то он всем, но никто не заострил внимания, каждый о своем говорил, а я услышала и запомнила. (Мама-то у него тоже сильно болела). Так и получилось. 9 октября ему исполнилось 68 лет, а 2 ноября владыки не стало».
Каждый год на годовщину смерти Святителя Анна Степановна приезжает в Петербург поклониться дорогой могиле. Не сразу, но все же состоялась наша с ней встреча. «Когда я стала духовным чадом владыки, то тогда я не поняла во всей мере, что произошло. Трудилась, выполняла послушание, если были какие проблемы, то приходила к нему, как и все его духовные дети. Он так и говорил: "Вы же мои детки". Сейчас вспоминаю и понимаю, что жили мы тогда и беды не знали. Иногда тревожит тебя что-то, думаешь, ну, мелочь, не буду беспокоить владыку, а он многое провидел и однажды мне говорит: "Знаешь, Аня, а ведь из мелочей складывается жизнь, и поэтому мне все надо говорить". Выслушает, скажет насколько слов, посоветует, и вопрос как бы сам собой разрешался. А молитва владыки охраняла от всех невзгод. Так и жили мы за его спиной.
Когда владыку спрашивали, как он себя чувствует, он отвечал неизменно: "По погоде". Никогда не жаловался. Если ему было тяжело на душе, то садился за фисгармонь и начинал играть. Мы уже знали, что у владыки что-то случилось, и он очень переживает. Играл только церковное. Если же по болезни не мог ехать на службу в храм, то просил поставить ему кассету с записью этой службы. У него все двунадесятые праздники были записаны и хранились в отдельной коробочке. Лежал, молился. Но это было в крайних случаях. А так он очень любил бывать в храме. Бывало поедет на службу, видно, что из последних сил: больной, идет тихонько, но едет. Когда же приезжал со службы, то весь светился. Лицо в те минуты у отца Иоанна было одухотворенным. Физических сил не прибавлялось, но внутренне он очень преображался».