Переименованный переулок имел длинную историю. Он возник в XVII веке. В начале XVIII его называли Аптекарским, так как он проходил с 1-й Мещанской на Большую Переяславскую улицу вдоль петровского Аптекарского огорода. В Москве в то время был еще один Аптекарский переулок (есть он и сейчас), причем более известный. Он находился в Немецкой слободе, где еще до основания Аптекарского огорода на Мещанской открыл аптеку немец-фармацевт Яган Готфрид Грегори, к которому ездили за лекарствами со всей Москвы. Поэтому, говоря об Аптекарском переулке на Мещанской, приходилось уточнять, что речь идет именно о нем, а не о том, который в Немецкой слободе. В конце концов в начале XIX века за Аптекарским на Мещанской закрепилось другое название — Протопоповский, по фамилии одного из жителей переулка — коллежского асессора И. Г. Протопопова, который имел в нем свой дом и, видимо, был заметным и уважаемым в переулке человеком, хотя сейчас мы ничего о нем не знаем, кроме фамилии и чина, впрочем не очень высокого: в армии коллежскому асессору соответствовал чин капитана.
С фамилией Протопопов мы еще встретимся на нашем пути: ее носил священник храма Пятницкого кладбища. Весьма вероятно, они с асессором — родственники: раньше москвичи поколениями жили в одном и том же районе.
Когда Протопоповский переулок переименовывали в 1924 году, производившие переименование чиновники полагали, что он имеет профессиональное название — «в честь» протопопов — церковных служителей высшего ранга, подобно тому, как старинный Кузнецкий мост был назван «в честь» кузнецов, а новая улица Сталеваров — «в честь» рабочих этой профессии.
И москвичи восприняли переименование как очередной кощунственный акт коммунистической власти против религии, что их возмутило.
Местные жители старались по возможности не употреблять новое название, поэтому историческое сохранялось в памяти москвичей, пожалуй, более всех других переименованных московских улиц и переулков. Если прежнее название переименованной в 1925 году в улицу Фрунзе Знаменки в 1950-е — 1960-е годы помнили только пожилые люди, то в Безбожном в то же самое время даже мальчишки считали его нынешнее название «ненастоящим», а «настоящим» оставалось то, как он назывался раньше. Это ощущение усваивалось и его новыми обитателями. Так, став в 1980-е годы жителем Безбожного переулка, Булат Окуджава в стихотворении, обращенном к соседу по дому писателю Олегу Васильевичу Волкову, упоминает и Безбожный переулок:
Это стихотворение написано в 1985 году, когда в Москве только начиналось общественное движение за возвращение исторических названий, чему сопротивлялись и МК КПСС и Моссовет (позже — мэрия), но вынуждены были уступить требованиям москвичей. Насколько широко было движение, показывает опрос москвичей, проведенный Лужковым, также противником возвращения названий. Он надеялся, что «население» поддержит его, но в результате опроса оказалось, что поддерживает возвращение старомосковских названий — 58 %, затрудняются ответить — 14 %, не поддерживают — 28 %.
В конце 1980-х — начале 1990-х годов общественности удалось добиться возвращения исторических названий части московских улиц, и одному из первых было возвращено прежнее название Безбожному переулку. Теперь он носит свое историческое название: