100-летний юбилей послужил естественным поводом для создания нескольких исследовательских работ, заложивших основы историографии Московского университета. До этого к истории университета несколько раз обращались в журналистской публицистике — так, обзоры, посвященные современному состоянию и истории университета и благородного пансиона помещал, например, издатель «Отечественных записок» П. П. Свиньин; в 1830 г. со статьей «Об участии Московского университета в просвещении России» выступил М. А. Максимович; с началом своей журналистской деятельности в «Московском вестнике», а затем в «Московитянине» регулярно публиковал отрывочные заметки из университетской истории М. П. Погодин, собрав за это время большую коллекцию рукописей и документов из прошлого университета. Однако при подготовке к юбилею впервые был создан большой коллектив исследователей под руководством С. П. Шевырева (в его составе были такие ученые, как, например, К. Ф. Рулье, Г. Е. Щуровский, С. М. Соловьев, П. Ил. Страхов) для составления трех основных трудов: собственно истории Московского университета и двух биографических словарей — университетских профессоров и их воспитанников. Последнему из названных изданий — словарю воспитанников — не повезло: к юбилею был подготовлен только один том, посвященный выпускникам университета первых десяти лет его существования, а дальше работа прекратилась. Издание же «Биографического словаря профессоров и преподавателей» и «Истории императорского Московского университета», написанной С. П. Шевыревым, было выполнено полностью.
«История» Шевырева представляла собой прежде всего систематическое изложение основных событий и законодательных актов, связанных с деятельностью университета за прошедшие сто лет, не ставя перед собой задачу их критического осмысления и анализа. Концепция автора была простой и заключалась в доказательстве постепенного и непрерывного расцвета Московского университета вследствие мудрых попечений правительства и царствующего монарха на ниве народного просвещения. Периодизация истории строилась относительно последовательности царствований, а внутри них — в соответствии со сменой кураторов (затем — попечителей) университета. Нельзя не отметить тщательность подбора автором фактов, характеризующих деятельность того или иного куратора (разумеется, с подчеркиванием ее положительных сторон) и определенную широту в использовании источников, куда, кроме опубликованных документов Министерства народного просвещения, периодических изданий, книг, выпускаемых университетом, вошли многие рукописные материалы (например, бумаги М. Н. Муравьева, собранные Погодиным). Опираясь на объявления о преподавании в университете, Шевырев перечисляет предметы университетского курса и состав ученых за каждый период, а также называет некоторых упомянутых в периодике того времени выпускников университета. Особое его внимание уделено, конечно, монаршим милостям, наградам профессоров, высочайшим посещениям, а также отношению публики к университету, богатым пожертвованиям в пользу просвещения от московского дворянства.
С фактологической точки зрения, гораздо больший интерес, нежели «История» Шевырева, вызывает «Биографический словарь профессоров и преподавателей императорского Московского университета». Следует подчеркнуть, что единственный раз за его историю в университете была проделана работа такого масштаба, призванная собрать жизнеописания всех без исключения ученых, работавших во всех отраслях университетской науки за прошедшие сто лет. Авторы статей в словаре представляли различные факультеты и могли с должным основанием судить не только о преподавательских заслугах, но и о научном вкладе ученых. В каждой статье была собрана возможно полная библиография трудов данного профессора. Биографические данные извлекались не только из опубликованных источников, но большей частью из рукописных воспоминаний или устных рассказов современников и учеников этих профессоров и поэтому во многом приобрели теперь для нас характер первоисточника. Из жизнеописаний ученых, работавших в рассматриваемый нами период университетской истории, можно особенно выделить несколько статей о деятельности немецких профессоров, подробно составленных Н. С. Тихонравовым на основании иностранных научных изданий и периодики, интереснейшие воспоминания П. Ил. Страхова о своем дяде, профессоре физики П. И. Страхове, обстоятельную биографию А. А. Прокоповича-Алтонского, написанную С. П. Шевыревым. В целом, оценивая фактический материал, собранный в биографическом словаре и «Истории» Шевырева, следует заметить, что эти издания не потеряли своей ценности и сейчас, являясь необходимым пособием на начальном этапе изучения истории Московского университета.