После 1855 г. развитие исследовательских трудов, касающихся истории Московского университета, шло двумя путями. Во-первых, продолжалась работа по изучению отдельных составляющих университетской внутренней жизни и научной деятельности, истории его ученых обществ, некоторых замечательных профессоров. В печати появляются обзорные статьи, посвященные Обществу любителей российской словесности (М. Н. Лонгинов), Обществу истории и древностей российских (О. Бодянский), Физико-медицинскому обществу (А. Тарасенков). Можно особенно выделить активность ОИДР в разработке сюжетов, связанных с историей университета: так, например, в 1862 г. в «Чтениях в ОИДР» появляется биография талантливого университетского филолога К. Ф. Калайдовича, содержавшая богатый фактический материал о допожарном университете, а в начале 1880-х гг. председатель ОИДР Н. А. Попов подготавливает подробную историю общества, в первом томе которой приводит множество интереснейших архивных документов, рассказывающих о первых годах его существования, дает живые портреты основателей и активных членов общества, попечителей и профессоров университета того времени. Среди трудов других ученых обществ назовем речь, произнесенную в ОИП профессором Г. Е. Щуровским и посвященную основателю общества Г. Фишеру фон Вальдгейму и его вкладу в российскую науку.
Одновременно история Московского университета затрагивается исследователями как часть институциональной истории системы народного просвещения в России. В 1865 гг. появляется очерк М. И. Сухомлинова «Материалы для истории образования в России в царствование Александра I», где автор впервые пытается проследить процесс развития российского просвещения в целом, эволюцию взглядов правительства в этом вопросе, историю основных документов, в частности университетского устава 1804 г., его преемственность, с одной стороны, от существовавших постановлений французских и немецких университетов, а с другой стороны, от проектов, разрабатывавшихся еще во времена Екатерины II. Сравнение деятельности университетов в разные периоды их существования стало темой замечательного обзора В. С. Иконнинова «Русские университеты в связи с ходом общего образования» (Вестник Европы, 1876). В своих «Очерках по истории русской цензуры» к истории Московского университета неоднократно обращался А. М. Скабичевский. На рубеже XIX–XX вв. выходят капитальные, насыщенные фактами труды С. В. Рождественского «Исторический обзор деятельности Министерства народного просвещения» и Н. Н. Булича «Очерки по истории русской литературы и просвещения с начала XIX в.» Либеральная публицистика (В. Е. Якушкин, Б. Б. Глинский), останавливаясь на проблеме эволюции основных положений, регулировавших университетскую жизнь, показывала, как многие из так называемых «университетских свобод», дарованных уставами, на деле оказывались фикцией, а полоса либеральных реформ в области народного просвещения быстро сменялась торжеством реакции; правительство, даже имея благие намерения по отношению к университету, часто нарушало собственные постановления и тем сводило на нет университетскую автономию. В связи с этим возникал вопрос, как вообще следует оценивать попытку введения «университетских свобод» в России, и, например, П. Н. Милюков (статья «Университеты в России», Брокгауз-Ефрон, т. 64) утверждал, что сама идея таких свобод, заимствованная в начале XIX в. из Германии, была ложной, обреченной на провал при существующем в России государственном строе. Другой активно обсуждаемой в 1900-е гг. проблемой стал сословный вопрос в русских университетах, причем интерес опять-таки привлекал именно первый университетский устав 1804 г., в котором была открыто заявлена всесословность высшего образования. В связи с активным студенческим движением на рубеже веков в нескольких журналах появились статьи по истории студенческих кружков и обществ в университетах, затрагивающих и период начала XIX в.