Настоящее складывание новой концепции истории университете относится ко времени выхода двухтомной «Истории Московского университета», приуроченной к его 200-летнему юбилею. Статьи в этой работе, посвященные рассматриваемому нами периоду, написаны М. В. Нечкиной — наиболее крупным послевоенным советским исследователем, занимавшимся проблематикой общественной и культурной жизни начала XIX в. в целом. На примере ее глав в «Истории Московского университета» мы можем увидеть как наиболее сильные, так и слабые стороны нового концептуального подхода. Дело в том, что этой работе предшествовали два капитальных исследования М. В. Нечкиной, тематически связанные с периодом начала XIX в., — «Грибоедов и декабристы» (1-е изд., 1947 г.) и главы о допожарной столице в 6-томной «Истории Москвы» (1954 г.). Из этих трудов видно, какую огромную работу проделала исследовательница, собирая различные источники, опубликованные и неопубликованные, анализируя воспоминания современников, периодическую печать, следственные дела декабристов и т. д. В книге «Грибоедов и декабристы» ею нарисована широкая панорама студенческой жизни Московского университета, выявлен широкий круг университетских знакомых Грибоедова, составлявших студенческие кружки начала XIX в., рассказано о влиянии университета на формирование мировоззрения молодых людей, характерных деталях их повседневной жизни. Главы, посвященные началу XIX в. в 3-ем томе «Истории Москвы», показывают нам богатую яркими красками картину московской культурной жизни, в которой Московский университет занимал одно из центральных мест. Эти работы до сих пор остаются одними из лучших памятников советской историографии для рассматриваемого нами периода.
К сожалению, соответствующие части «Истории Московского университета» не дают такой насыщенной фактами и цельной картины. В фактологическом отношении «История» уступает не только труду Шевырева, но, как ни странно, местами даже «Очеркам» 1940 г. Автор искусственно суживает охватываемые им явления, руководствуясь двумя основными положениями, которые красной нитью должны пройти через всю историю университета: 1) о непрерывно возрастающей роли отечественных ученых в Московском университете, борьбе прогрессивных русских профессоров за утверждение материалистических идей против враждебно к ним настроенных представителей западной науки; 2) о значении университета как огромного революционизирующего центра, в недрах которого постоянно зреет сопротивление царскому режиму, с которым сражаются многие выпускники университета (от декабристов, Герцена и Огарева до бунтующих студентов 1905 г.).
В соответствии с этим особое значение приобретала не мирная, созидательная жизнь университета, а конфликты внутри него: столкновения русских профессоров с иностранцами, выражения студенческого протеста. Научный вклад того или иного ученого оценивался в зависимости от соответствия его работ «материалистическим идеям»; напротив, подвергались остракизму религиозно-мистические увлечения, даже в рамках просветительской программы (за что и был осужден профессор Шварц). Реформы Муравьева и либеральный устав 1804 г. не могли быть оценены положительно, т. к., по мнению авторов, представляли собой только уловки правительства, причем всячески подчеркивались его возможности нарушать сверху университетскую «автономию». Значение деятельности М. Н. Муравьева для университета умалчивалось, и роль приглашенных им немцев (за исключением, может быть, уже устоявшейся, благодаря МОИП, репутации Г. И. Фишера фон Вальдгейма) оценивалась негативно. Фактическое наполнение глав сводилось к перечислению имен и заслуг русских профессоров: Страхова, Мерзлякова, Мудрова и др., а также к рассказу о достижениях университетских научных обществ. Хотя университетские историки А. И. Гурьянов, В. В. Сорокин, И. А. Федосов проводили архивные поиски материалов по истории университета, результаты их работы почти не были отражены в юбилейном издании. Среди упомянутых авторами студентов акцент был сделан на будущих декабристах и их предполагаемых конфликтах с профессорами (диспут о республике на этико-политическом отделении в 1813 г. и т. п.). В целом следует признать, что такое изложение сильно искажает картину университетской жизни, а обеднение фактического материала в угоду концепции практически обесценивает это издание на том этапе, когда необходимо глубокое изучение истории Московского университета.