Никон не успел довершить своего великого дела. В 1666 - 1667 годах он был взят из Нового Иерусалима, осужден и сослан. К этому времени Воскресенский собор был возведен до сводов, ротонда Гроба Господня осталась непокрытой, окрестные святые места в большинстве своем ничем, кроме названий, не отмечены. Впоследствии после кончины Никона в 1681 году при Феодоре Алексеевиче было закончено строительство собора, в 1685 году он был освящен. Но в полной мере осуществить грандиозный замысел патриарха уже не удалось. Его стремились соблюсти хотя бы отчасти, в измененном виде. Так, Вифлеем оказался внутри монастыря в церкви Рождества Христова в западной части обители, которая в нижнем ярусе (подклети) имитировала пещеру (вертеп).
В 1690 - 1694 годах монастырь был обнесен каменными крепостными стенами по всем правилам военного искусства и в то же время с определенными символическими значениями. Над главными восточными Святыми вратами была воздвигнута высокая церковь Входа Господня в Иерусалим. Ее основная композиционная структура - восьмерик на четверике. Восьмерик, как и восьмигранный шатер, тоже является знамением и Божией Матери, и «осьмого» века - Царства Небесного. За исключением Входоиерусалимской башни - церкви восточных ворот и Елизаветинской башни западных ворот, остальные башни лишь символически оформленные как ворота, получили библейские наименования: Дамасская, Ефремова, Варуха, Давидова, Сионская, Гефсиманская.
В XVIII столетии монахи Ново-Иерусалимского монастыря занялись собственным символотворчеством, благодаря которому были в непосредственной близости к монастырю, без соответствия с топографией Палестины, поименованы Гефсиамский сад, Силоамская купель, источник Самаряныни, даже холмик, означавший место, где повесился Иуда...
Завершенный Воскресенский собор имел девять глав (вместе с главой колокольни, вплотную пристроенный к собору и составлявшей с ним единое целое). Та же числовая символика, что и у храма Василия Блаженного. Она соответствует девятичинной ангельской иерархии, девяти основным чинам (ликам) Небесной Церкви святых, но вместе с тем здесь выделяются Центральная глава
над ротондой Гроба Господня и восемь прочих глав, означающих то же, что и восьмигранник (восьмерик). А если колокольню все же рассматривать отдельно, то главы основного корпуса собора знаменуют собою Вседержителя (глава над ротондой) и семь светильников перед Ним.Купол над центральным алтарем, глава шатра над ротондой и глава колокольни были позолочены и сверкали как солнце. В итоге оказалось, что если внутри собор наглядно воспроизводил исторический храм Гроба Господня в Иерусалиме, то с внешней стороны, далеко отступая от палестинского прототипа, он был создан, как «город на горе», украшенный золотом и многоцветием поливной керамики изразцов, наподобие драгоценных каменьев, как образ града Небесного, «Иерусалима Нового», как «невеста Агнца», «в ризах позлащенных одеяна, преиспещренна» (Пс. 44, 10).
Воскресенский собор Нового Иерусалима создавался по исконно русской системе пропорционирования, имеющей в основе своей антропоморфное начало, то есть пропорции и размеры человеческого тела. При этом использовались некоторые размеры уже существовавших русских храмов. Так, высота ротонды вокруг Гроба Господня равнялась 16 народным или мерным саженям (по 176 сантиметров каждая; это размер человека очень маленького роста с поднятой рукой или размах рук человека среднего и выше среднего роста). В современных единицах 16 таких саженей равны 28,17 метра. Точно такова же высота восьмерика знаменитой шатровой церкви Вознесения в с. Коломенском (XVI век). Особенно примечательно, что и высота шатров церкви Вознесения и Нового Иерусалима (шатер 1685 года) тоже одинакова; она равнялась 22,37 метра, что составляет 12 саженей церковных (по 186,4 сантиметра каждая; это размер человека маленького роста с поднятой рукой, или рост высокого человека, или размах рук человека очень высокого роста)636
. Употребление разных саженей в строительстве одного здания - обычное и закономерное явление. Тот же размер - 12 церковных саженей - составляет длину собора Кийского Крестного монастыря, построенного патриархом Никоном. Шатер собора в Новом Иерусалиме увенчивала в 1685 году глава с крестом637, высотой в 6 народных саженей (по 176 сантиметров), так что общая высота шатровой части от уровня чистого пола равнялась 61 метру, а если считать от уровня земли, то и более. Нельзя не отметить, что по некоторым высотным параметрам размеры этого собора оказывались очень близки к размерам храма Покрова (Василия Блаженного) в Москве, где, например, высота центральной шатровой части равнялась 63,2 метра638.