Митрополит наказывал епископов, смевших выступать против Московских интересов. Ближайшие предшественники Алексея подобного себе не позволяли. Например, по-видимому, с давлением митрополита Петра связаны отставки епископов Прохора Ростовского и Андрея, но причиной тому было их противодействие самому Петру, даже более того, интриги против него, а вовсе не политические пристрастия к тому или иному князю. Алексей же при случае не забывал напомнить своей пастве: «Не ведаете ли, что всее русское земли владыки подъ моею властью суть и въ моей воли? И язъ ихъ ставлю отъ благодати Пресвятого Духа». Все это не могло не вызывать неудовольствия и роняло духовный авторитет митрополита.
В этой связи пример Алексея Суздальского и Нижегородского, пострадавшего в 1365 г., не был каким-то исключительным случаем. Разобравшись с нижегородскими проблемами, Дмитрий Донской и его приближенные должны были обратить особое внимание на Тверь. В ту пору там возникли серьезные политические противоречия между дядей и племянником – Василием Михайловичем Кашинским и Михаилом Александровичем Тверским. Москва поддерживала первого из них. Митрополит уполномочил местного архиерея Василия выступить в качестве третейского судьи. Однако решение его оказалось неожиданным для первоиерарха: оно было не в пользу Василия. В результате в 1367 г. епископ был вызван в Москву для совершения уже над ним митрополичьего суда, следствием этого для владыки стал, как сказано в Никоновской летописи, «проторъ великъ».
Михаил Александрович вынужден был удалиться в Литву к своему могущественному шурину великому князю Ольгерду. В Тверь вошел его дядя Василий. Однако это не означало окончания усобицы. Михаил сумел вернуть утерянную было Тверь. Противостояние продолжилось. Для преодоления кризисной ситуации решено было обратиться к посредничеству Москвы. При этом Михаил Александрович, резонно опасавшийся за собственную безопасность, отправился туда для переговоров, лишь заручившись гарантиями неприкосновенности от митрополита (1368 г.). Но на деле эти гарантии не были выполнены: переговоры зашли в тупик, и Михаил здесь оказался на положении пленника. Впрочем, заключение его не сломило, и жаждавший возмездия по отношению к Дмитрию Ивановичу князь был отпущен. При этом в сердце князя осталась глубокая обида и на Алексея. «Князь же Михайло Александовичь Тверский о томъ вельми сжалися, и не любезно бысть ему сие, и негодоваше о семъ, и положи то в-ызмену, и въ ненависть подвижеся, и размирие про то начатъ имети къ великому князю Дмитрию Ивановичю; гневашажеся и жаловашеся наипаче на митрополита, глаголя: “Колику любовь и веру имехъ паче всехъ къ митрополиту сему, и онъ толико мя посрами меня и поруга”».
Следствием московского вероломства по отношению к Тверскому князю стала война с Литвой, начавшаяся в 1368 г. Это была так называемая первая литовщина. Она прервала установившуюся после 1328 г., то есть со времени получения великого княжения Иваном Калитой, сорокалетнюю «тишину великую». Захватчики дошли до белокаменных стен Москвы, отстроенных лишь за год до этого, ограбили окрестности города и, не решившись начать штурм или осаду, удалились восвояси, уводя огромный полон. Через два года, в 1370 г., нашествие Ольгерда повторилось. Но вновь Литва не отважилась штурмовать каменные кремлевские укрепления. Оба раза в Москве «затворились» вместе с остальными людьми великий князь Дмитрий и митрополит. Они ободряли горожан, вселяли в них уверенность в благополучном исходе. При этом роль Алексея вообще оказалась особенной: митрополит все активнее вмешивался в политику. Выступавших против Москвы на стороне Ольгерда русских князей он подвергал отлучению за нарушение договоров. Такие действия получили одобрение в Константинополе: патриарх признал правоту главы Русской церкви и призвал всех князей к борьбе с «огнепоклонником» Ольгердом (см.: [РИБ: стб. 117–120]). Для Руси это было новостью: ранее первоиерархи не вмешивались так открыто в междоусобицы, это вызывало недовольство. Потому совсем не случайными были слова Ольгерда, обращенные к патриарху: «По твоему благословению, митрополит и до ныне благословляет их (москвичей. –
Для дискредитации самого Ольгерда митрополит Алексей провел канонизацию замученных по его приказу в 1347 г. за исповедание христианства трех литовцев – Антония, Иоанна и Евфстафия (Кумец, Нежило и Круглец). Это прославление святых было признано Константинополем [Мейендорф 2000: 465].