Рукоположение Киприана ставило в затруднительное положение великого князя Дмитрия Ивановича. Перспектива получить митрополитом протеже Ольгерда была просто пугающей: ведь это могло означать, что влияние церкви, которое прежде так часто выручало Москву в трудную минуту, теперь могло оказаться на стороне противников объединения русских земель вокруг нее. Однако авторитет самого Дмитрия Ивановича был уже настолько высок, что он мог позволить себе не согласиться с волей Константинополя. Потому великий князь решает назвать преемника Алексею сам, его выбор пал на собственного духовника, коломенского священника-мирянина Митяя (Михаила).
Митяй обратил на себя внимание великого князя, когда тот однажды посетил Коломну. Священник стал духовником Дмитрия Ивановича и его ближайших бояр, а затем получил должность печатника (то есть хранителя печати). Однако для продолжения церковной карьеры Митяю необходимо было принять монашеский постриг, он всячески этому противился, так как, видимо, не хотел связывать себя слишком суровыми иноческими обетами. И все же великий князь сумел настоять на своем: Митяй был пострижен и в 1376 г. стал архимандритом придворного Спасского монастыря Дмитрий Донской явно думал возвести своего любимца на митрополичью кафедру после ожидаемой смерти престарелого Алексея.
При этом воля самого митрополита, утверждавшего, что негоже «новуку» (новоначальному иноку) руководить церковью, в расчет не принималась, как игнорировался и скрытый ропот остального духовенства. Алексей осознавал, что он слишком прочно связан с Московским князем и, как результат, слишком зависим от него. Потому у первоиерарха не было возможности сопротивляться возросшему в силу ряда причин, рассмотренных выше, влиянию князя на церковь. Вместе с тем как пастырь, действительно заботившейся о благе церкви, Алексей должен был что-то предпринять. И выход им, казалось, был найден: он решил сделать своим преемником Сергия Радонежского. Видимо, открыто противиться этому Дмитрий Иванович не мог: авторитет «игумена всея Руси», о личности которого речь впереди, в тот период был уже чрезвычайно высок, не считаться с этим князь не мог. Однако Сергий отказался от высокой чести, ибо, приняв на себя бремя митрополичьей власти, он неминуемо вступил бы в открытую политическую борьбу, причем, возможно, на сей раз как противник великого князя. Ведь противодействие устремлениям последнего обязательно повлекло бы за собой конфронтацию, а это вообще рушило всю устанавливавшуюся почти столетие систему отношений московских князей с митрополитами и с монашеством и могло в перспективе даже привести к новым усобицам. Брать на себя ответственность за все это Сергий не желал, но свои принципы радонежский игумен отстаивал последовательно, в том числе и противодействуя Митяю – креатуре Дмитрия Ивановича.
Алексею же в таких условиях не оставалось ничего другого, как согласиться на просьбу великого князя о благословении Митяя. К тому времени произошли изменения и в Константинополе: после свержения очередного императора патриарх Филофей, поставивший Киприана, оказался в заточении. Потому-то московские послы, зондировавшие почву относительно будущей хиротонии Митяя, нашли на берегах Босфора полное понимание.
Когда посольство вернулось на Русь, митрополита Алексея уже не было в живых. Он скончался 12 февраля 1378 г. и был похоронен в Чудовом монастыре, основанном им самим.
Стиль правления митрополита Алексея, максимально сблизившегося с московским правительством в силу субъективных причин (происхождение, малолетство великого князя), конечно, соответствовал византийскому идеалу «симфонии» властей, но он не отвечал реальной исторической ситуации, существовавшей на северо-востоке Руси в третьей четверти XIV в. Здесь по прежнему сохранялась система городов-государств, а соответственно, сохраняла достаточно сильное влияние община, не ушли в прошлое и древние вечевые традиции. Наконец, власть князя московского не только не распространялась на всю Русь, но была далека от монархического идеала и в своей собственной земле – Москве. А потому попытка выработать какой-либо общий политический курс светского и духовного властителя была явно поспешной.
Участие митрополита Алексея в делах управления Московской землей отнюдь не было вызвано эволюционным развитием церкви как политического института, оно стало форс-мажорным обстоятельством, которое возникло вследствие ранней смерти Ивана Красного и близостью Алексея к московскому боярству. Но, как бы то ни было, именно такое стечение обстоятельств позволило церковной организации в решающий момент выступить на стороне нового быстрорастущего политического центра в Северо-Восточной Руси – Москвы. После митрополита Алексея, с помощью которого Дмитрий Иванович сумел серьезно укрепить позиции своей земли, окончательно был снят вопрос о том, вокруг какого княжества произойдет в будущем объединение Руси в единую державу.