С укреплением ОМДС власти стали привлекать его к профилактике эпидемий и пропаганде среди мусульман здорового образа жизни. Среди циркуляров Духовного собрания можно найти немало предписаний, содержащих рекомендации по предотвращению заболеваний оспой и моровой язвой (чумой). Была налажена даже служба оповещения паломников в Мекку об эпидемиологической ситуации по пути их следования116
.С XIX в. в среде мусульманского духовенства России развернулась дискуссия по вопросу вознесения специальных молитв за здравие царской семьи. В 1826 г. муфтий Габдессалям Габдрахимов подготовил специальное воззвание по случаю вступления на престол императора Николая I, а во время восстания декабристов молился о защите императора от мятежей и бедствий. В середине XIX в. по поручению оренбургского генерал- губернатора В.А.Обручева несколько авторитетных имамов сочинили специальный богословский трактат, в котором признавали легитимность назначения кадиев и муфтиев российским правительством, а также законность их судебных постановлений. Несмотря на возражения ряда имамов, ОМДС ввело особые дни для специальных молитв за царя и его семью117
.За хорошую службу муфтии и муллы получали те же привилегии, что и представители православного духовенства. Им жаловались титулы, земельные наделы, доходные дома, они и их потомки освобождались от налогов и получали ордена. Так, Салимгарей Тевкелев был награжден орденами Св. Станислава и Св. Владимира I степени, орденом Св. Анны IV, III, II и I степеней, а Мухамедьяр Султанов стал кавалером орденов Св. Станислава и Св. Анны I степени. Интересно отметить, что с 1844 г. на знаках ордена Св. Станислава, Св. Анны и Св. Георгия, жалуемых лицам нехристианского вероисповедания, изображение святых и их вензелей по распоряжению императора Николая I стало заменяться черным императорским орлом. Этот шаг, не имеющий аналогов в мировой истории, был призван продемонстрировать уважением властей к полирелигиозному населению Российской Империи.
Одним из наиболее ярких мусульманских духовных лидеров в конце XIX — начале XX вв. стал ахун Атаулла Баязитов. Выходец из мишар, он родился в 1846 г. в деревне Тюменсу Касимовского уезда Рязанской губернии. Пройдя курс обучения в Кышкарском медресе Казанской губернии — известном центре кадимизма, Баязитов приобрел склонность к консерватизму и не принял обновленческое течение джадидизма.
В 1871 г. Атаулла Баязитов получает предложение стать имамом второго мусульманского прихода Санкт-Петербурга (на то время в столице действовали три мусульманские общины). На этой должности он снискал уважением верующих и властей и вскоре получил предложение стать военным ахуном Санкт-Петербургского округа. В совершенстве освоив русский язык, Баязитов работал переводчиком и преподавал тюркские языки и основы ислама в учебном отделе восточных языков Азиатского департамента МИД России и в Пажеском корпусе. 2 сентября 1905 г. трудами Баязитова вышел первый номер первой татарской газеты «Нур», а в 1910 г. была заложена санкт-петербургская Соборная мечеть, разрешение на строительство которой было получено именно благодаря его авторитету118
.Особо стоит отметить научную деятельность Атауллы Баязитова. Его книги «Возражение на речь Эрнеста Ренана “Ислам и наука”» (1883), «Отношение ислама к науке и иноверцам» (1887) и «Ислам и прогресс» (1898) получили высокую оценку ученых как солидные академические издания, на высоком уровне аргументирующие прогрессивность ислама119
. «Баязитов убедительно доказывал, что веротерпимость — один из основополагающих принципов ислама, что ислам и христианство — две великие духовные традиции — построены на единых этических принципах и обращаются к единому Творцу, поэтому между мусульманами и христианами не должно быть розни. «Истинно верующие — братья друг другу. Поэтому примиряйте между собой братьев ваших», — этот призыв 49 суры Корана стал лейтмотивом его литературной деятельности», — подчеркивала А.Гафурова120.