Ко второй половине XIX века мусульманские структуры приобрели большую самостоятельность, и доля государственно финансирования, например, в ОМДС сократилась до 40-50%. Бюджет муфтиятов стал преимущественно формироваться за счет брачных и метрических сумм102
. Православное государство разрешало мусульманам вступать в законный брак с несколькими женщинами, принимая меры только в том случае, если их было больше четырех. Например, в начале XIX века доля полигинных семей у башкиров-скотоводов составляла 21%, а у башкир-земледельцев — 10%. Полигиния была весьма распространена у мусульман Северного Кавказа, в особенности ингушей, чеченцев и дагестанцев.В 1782 г. в Москве появилась первая деревянная мечеть, а в 1823 году в Татарской слободе в награду за доблесть, проявленную татарскими и башкирскими полками в Отечественной войне 1812 г., была построена большая каменная мечеть, впоследствии названная Исторической104
. В 1829 г. МВД были разработаны проекты типовых мечетей, опубликованные в «Журнале министерства внутренних дел». «В то самое время, когда грозные силы российского монарха разили полчища могущественнейшего владыки магометанского (турецкого султана), державная рука его утверждала созидание молитвенных домов для мирных магометан, обитателей великой его империи», — говорилось в сопутствующей статье этого журнала105. В этой фразе оказалась весьма точно сформулирована политика России по отношению к мусульманам, которая всегда разделяла враждебных себе мусульман и ислам как религию заметной части своих законопослушных подданных.В 1882 г. муфтий ОМДС Салимгарей Тевкелеев обратился к министру внутренних дел с просьбой дать разрешение на постройку в столице империи Соборной кафедральной мечети. Такое разрешение было получено, и в 1913 г. в санкт-петербургской Соборной мечети, построенной по соседству с Петропавловской крепостью, прошла первая служба. Новая мечеть стала крупнейшей в Европе и долгое время сохраняла этот статус. В 1904 г. на средства богатого татарского купца Салиха Ерзина в столице открылась вторая каменная мечеть, получившая статус Соборной. В начале XX в. были также построены мечети в Твери, Ярославле и Костроме106
.Особое значение российские власти придавали институту военного мусульманского духовенства — полковые муллы служили при многих частях, получая аналогичное полковым священникам жалование (а нередко и большее), рекруты-мусульмане приносили присягу в мечетях107
. Так, в Правилах от 1892 г. отмечалось, что «самый Коран, в знак благоговения, должен быть положен на пелену из чистой шелковой материи и поставлен на налой или столик, вышиною, по крайней мере, в аршин»108.С 1845 г. должности военных имамов были введены во всех портах Российской Империи, причем, как отмечает Д.Ю.Арапов, для сохранения должности имама при Севастопольской базе Черноморского флота оказалось вполне достаточным присутствия среди его чинов всего 9 мусульман109
. В тот же период времени в Санкт-Петербурге начало свою деятельность «Общество лейб- гвардии офицеров, исповедующих мусульманство», которое имело право самостоятельного избрания имама110. При этом мусульманские офицеры спокойно воевали и против турецких единоверцев, о чем свидетельствует, в частности, пример генерала Султана-Чингис-хана, возглавлявшего службу телеграфной связи на Балканах во время Русско-турецкой войны 1877-1878 гг.111С началом Русско-японской войны в войсках появились полковые муллы, чей статус в 1908 г. был закреплен специальным распоряжением по военному ведомству. 5 июля 1916 г., во время месяца Рамадан, появился приказ Николая II о должности дивизионного муллы, что значительно подняло боевой дух солдат-мусульман. В этот период в российской армии насчитывалось 10 генералов-мусульман самых разных национальностей: азербайджанцев, чеченцев, татар. Среди них наибольшую известность получили начальник личного конвоя императора Гуссейн Хан Нахичеванский и Эрисхан Алиев, командовавший 2-м Западно-Сибирским корпусом112
.Ко времени Первой мировой войны мусульманам-военнослужащим была предоставлена возможность питаться халяльной пищей и получать приемлемые для них награды113
. Мусульмане служили в гвардейских частях, их дети свободно учились в кадетских корпусах, а из лучших кавказских наездников была сформирована Дикая, или Туземная, дивизия, в составе которой было 6 полков, — Дагестанский, Кабардинский, Чеченский, Ингушский, Черкесский и Татарской общей численность до полутора тысяч человек. Следует отметить, что первая мечеть в Москве, ныне именуемая Исторической, была построена в ознаменование подвигов татарских и башкирских полков, доблестно сражавшихся в Отечественной войне 1812 г.Помимо сухопутных и морских воинских частей должности штатных мулл были введены также при ведущих предприятиях оборонной промышленности, среди работников которых было немало мусульман, в частности на Ижевском заводе и Пороховом заводе в Казани. И муллы, и мечети такого типа содержались за счет военного ведомства115
.