Одним из важнейших дел на посту морского министра Николай Семёнович считал заботу о личном составе флота. Это подтверждает, например, извлечение из «Журнала Адмиралтейств-коллегии» за 1802 год: «Слушав предложение г. министра морских сил и кавалера Николая Семёновича Мордвинова, в коем прописывает к исполнению отношение вице-адмирала Чичагова, что Государь Император указать соизволил, чтобы во всех командах, в ведомости адмиралтейств-коллегии состоящих, при распределении людей по всяким казенным работам, наблюдаема была как между трудностью работы и силы человеческою, так и между сею силою и суровостью климата, совершенная соразмерность, чтобы все те работы, кои одной токмо силы требуют, по возможности были определяемы на лошадях, о чем и стараться иметь их в достаточном количестве, а когда бы и случилось, что, по недостатку лошадей в адмиралтействе или портах, нужно перевести какую либо тягость на лошадях, то чтобы непременно были взяты все осторожности и употреблены возможные способы, дабы перевозка оных тягостей легчайшим образом сделана быть могла. При сем особенно замечает, чтобы бревен, других лесов и никаких тягостей по голой земле ни под каким предлогом не волочили, но или на санях зимою, или на твердых телегах летом, оные перевозимы были, и с особливым надежным присмотром, дабы ничего при том для людей насильственного сделано не было, но чтоб, посредством разных пособий, работы производились легчайшим образом, и с наблюдением порядка и в людях повиновения. Во время жестоких морозов, то есть, когда более 16 градусов, или во время больших вьюг и ненастья, могущего наносить здоровью людей явный вред, увольнять их от всех надворных работ. По воскресеньям и другим большим праздничным дням, когда вольные люди не работают, и казенных в работы не посылать, разве когда они самопроизвольно, за известную плату, какою работаю обязаться пожелают, то в том им не препятствовать; в случае же каких экстренных работ, доносить о них Его И. В-ву и не прежде посылать в оные, как получив от Государя Императора на то разрешение, о чем уже писано от него главным командирам портов»221
.Столь напряженная работа на посту морского министра не могла не сказаться на здоровье адмирала. Не последнюю роль сыграли интриги вокруг Николая Семёновича. Мордвинов был возмущен тем, что флотом фактически управлял товарищ министра П. В. Чичагов. Кроме того, он «был не согласен с господствовавшим в то время взглядом на необходимость, в развитии намеченной лишь манифестом реформы, коренным образом преобразовать всю морскую администрацию»222
. С 19 ноября по 17 декабря 1802 года в архивах нет ни одной записи о деятельности Мордвинова на посту министра, зато резко активизировался Чичагов. Мордвинов заболел, до его отставки осталось 11 дней: «Слушав Высочайшее повеление, объявленное коллегии сего ноября 19 числа, за подписанием г. адмирала и кавалера Чичагова, что Государь Император высочайше указать соизволил, чтобы по болезни министра морских сил г. адмирала Мордвинова, все бумаги, от Адмиралтейств-коллегии к докладу Его И. В-ву следующие, присылаемы были в Военную по флоту канцелярию»223.Последняя запись в «Журнале Адмиралтейств-коллегии» за 1802 год (№ 5222), в которой фиксируется мнение Мордвинова, датируется 17 декабря. Адмирал довольно резко выступил, поддержанный, кстати, Императором, о недобросовестной работе членов коллеги за время его отсутствия. Например, «чтобы она в содержании дел соблюдала возможную краткость, не пропускала ничего такого, что силу разума сего дела в себе заключает». При покупке провианта не прописано обстоятельство, по каким причинам такая покупка была совершена. Не учитывается мнение генерал-казначея Кутузова, поданное против этой покупки, основанное на законных причинах. Разговор идет о закупке недоброкачественной муки в столице, без объяснения причин и без соблюдения законного порядка, без указания цены и сколько муки было куплено. Я совершенно не склонен кого-то обвинять, только факты и архивные записи. Каждый, надеюсь, сделает правильные выводы об обстановке, складывающейся вокруг адмирала Мордвинова.
Недоброжелатели постоянно плели интриги против морского министра, и 22 декабря 1802 года он был вынужден подать в отставку. В Сенатском указе на имя адмирала Мордвинова от 8 января 1803 года говорилось: «По именному Его Императорского Величества указу, данное Правительствующему Сенату минувшего декабря в 28-й день, за собственноручным Его Величества подписанием, в котором изображено: “Снисходя на прошение министра военных морских сил адмирала Мордвинова, всемилостивейше увольняем его от всех дел”. – Правительствующий Сенат приказали: сие высочайшее Его Императорского Величества повеление Вам, господину адмиралу и кавалеру, объявить от Сената указом»224
.В управление министерством вступил адмирал Павел Васильевич Чичагов, который по заверению дочери Мордвинова, «потом он же сделался врагом отцу моему и поступил на его место в 1804 году»225
.