Широкое распространение получили нечаевские массовые школьные эксперименты. На книгу Нечаева «Современная экспериментальная психология в ее отношении к вопросам школьного обучения», посвященную введению психологического эксперимента в педагогику и применению его к решению дидактических проблем, Ю. Айхенваль-дом была написана отрицательная рецензия (ВФиП, 1901, кн. 59). На нее отозвался автор книги (ВФиП, 1901, кн. 60).
Споры об эксперименте в психологии выносятся на трибуну первых психологических съездов, состоявшихся в 1906 и 1909 гг. Здесь столкнулись взгляды Ланге и Челпанова, в дискуссию вступила научная школа Бехтерева и представители педагогической психологии, руководимые Нечаевым. Университетские профессора психологии критиковали нечаевскую группу экспериментаторов и использовали все недостатки экспериментальных психологических исследований, проведенных со школьниками, как аргумент против экспериментального направления в целом. Факты, полученные в массовых школьных экспериментах, Челпанов назвал «экспериментальным хламом», а их собирание — результатом плодящегося дилетантизма в психологии.
После съездов полемика снова перешла на страницы ВФиП. Программный доклад Челпанова «Задачи современной психологии», сделанный им на II съезде психологов, был напечатан затем в ВФиП (1909, кн. 99). Челпанов усмотрел существенный недостаток экспериментаторов в том, что они мало задумываются над методологией и отрывают экспериментальную практику от теории. Его программа сводилась к тому, что надо подчинить экспериментальную психологию философской, которая и должна исследовать общие законы духа; необходимо устранить разрыв между теорией и экспериментальной практикой. В своем докладе он ссылался на исследования вюрцбургской школы. При публикации доклада в ВФиП Челпанов сделал много дополнений и подвел итоги работы съезда. Его оценка отличалась от той, которая была сделана председательствовавшим на съезде Бехтеревым. Челпанов считал, что нельзя говорить о победе экспериментальной психологии, как утверждали большинство участников съезда. Это покажет дальнейшее развитие науки. Нечаев же на замечания Челпанова ответил статьей «К вопросу о съезде по педагогической психологии и комментариях Г. И. Челпанова» (1909, кн. 100). Там же была напечатана новая статья Челпанова «Нужны ли психологические лаборатории для самостоятельных исследований при средних учебных заведениях? Ответ А. П. Нечаеву». В ней вновь повторялись возражения против школьных психологических лабораторий и массовых экспериментов, проводимых учителями, не имеющими специальной подготовки.
Утверждая важность философских основ психологической теории, Челпанов с легкостью менял свои философские позиции, переходя от неокантианства к махизму. В статье «О предмете психологии», напечатанной в ВФиП (1908, кн. 98), он давал махистскую трактовку двух опытов — внешнего и внутреннего — и определял предмет психологии, создавая видимость согласия с естествознанием. Челпанов говорил о неких первоначальных содержаниях, которые приводятся в соответствие с представлениями субъекта или с вещами, не зависящими от субъекта. В первом случае получается предмет психологический, а во втором — представление вещей. Махистские идеи Челпанов пропагандировал в университетском курсе психологии. Несколько лет спустя он стал защитником идей Гуссерля и разработал аналитический метод, сущность которого, по его мнению, заключалась в априорности, позволяющей непосредственно и неопровержимо раскрывать данные внутреннего опыта и отношения между переживаниями. Аналитический метод должен составлять основу всех видов психологического исследования, в том числе экспериментального.
Экспериментальная психология получала в России все большее развитие. Стремясь подчинить ее провозглашаемым принципам, Челпанов приступил к организации собственного института. Он добился у московского купца С. И. Щукина пожертвования средств в пользу этого дела и приложил много стараний, чтобы создать институт по образцу лучших зарубежных научно-исследовательских учреждений. В 1912 г. в специально выстроенном и оборудованном здании открылся возглавляемый Челпановым Институт психологии при кафедре философии Московского университета (ныне Институт общей и педагогической психологии АПН СССР).
В статье «О прикладной психологии в Германии и Америке» (1912, кн. 115) Челпанов писал об организации там исследовательской работы и о подготовке кадров психологов. На заседании Московского психологического общества он выступил с докладом «О положении психологии в русских университетах». Доклад был опубликован в ВФиП (1912, кн. 114). Развитие психологии, ее новые отрасли — экспериментальная психология, детская, педагогическая, этнологическая, зоопсихология, патопсихология — нуждаются в специально подготовленных кадрах психологов, утверждал он. Поэтому в университетах должны быть организованы самостоятельные кафедры психологии, которые объединяли бы оба направления — гуманитарное и естественнонаучное.