Работа сектора осложнялась тем, что экспериментальные исследования в Институте философии никогда не проводились, для них не было соответствующей базы, и они не встречали поддержки. Между тем С. Л. Рубинштейн считал необходимым психологический эксперимент и стремился к его развитию. Еще в Ленинграде, где он с 1930 по 1942 г. руководил кафедрой психологии в Педагогическом институте им. А. И. Герцена, его сотрудники и аспиранты проводили экспериментальные исследования, связанные с педагогической практикой. В секторе психологии С. Л. Рубинштейн предполагал со временем заняться экспериментальными исследованиями. Изначально он видел в нем первое психологическое подразделение Академии наук СССР, основу будущего академического Института психологии. Надстройка четвертого этажа здания на Волхонке, 14 велась именно для будущего института по плану, согласованному с С. Л. Рубинштейном, для экспериментов были отведены специальные комнаты — звуконепроницаемые камеры. Однако, как показали дальнейшие события, до создания нового института было еще очень далеко.
Как первоочередную Сергей Леонидович выделял проблему экспериментального изучения мышления. Об этом он и повел разговор, когда обсуждалась тема моей диссертации. С сожалением он говорил о том, что в секторе нет условий для экспериментальных исследований, да и аспиранты к этому не подготовлены. И все же он был склонен уже сейчас начать экспериментальное психологическое изучение мышления. Я робела и не решалась взять такую тему. «Вам только надо начать, а дальше вас поведет сам эксперимент», — говорил Сергей Леонидович.
Как показало будущее, у него уже созрел замысел таких исследований, но пока не было исполнителей. Спустя несколько лет он осуществил свои намерения с выпускниками отделения психологии Московского университета, прослушавшими специальный курс, написавшими под его руководством дипломные работы и начавшими исследования мышления по его плану. Результатом была монография С. Л. Рубинштейна «О мышлении и путях его исследования» (М., 1958) и сборник экспериментальных работ «Процесс мышления и закономерности анализа, синтеза и обобщения» (М., 1960), выполненных его учениками.
В конце 1940-х годов в секторе психологии впервые было начато изучение истории русской психологии. Раньше этим делом никто не занимался. Более того, бытовало мнение, что отечественных исследований в этой области не было и речь может идти лишь о заимствованиях извне. Но в 1947 г. под редакцией Рубинштейна вышла книга Б. Г. Ананьева «Очерки истории русской психологии XVII–XIX веков» — первый труд по истории русской психологической науки. В том же году вышли подготовленные Институтом философии АН СССР «Избранные философские и психологические произведения И. М. Сеченова» со вступительной статьей В. М. Каганова, в которой особое внимание было обращено на психологические труды великого ученого. В 1946 г. в «Физиологическом журнале СССР» была опубликована статья С. Л. Рубинштейна «Физиология и психология в научной деятельности И. М. Сеченова» — его выступление на состоявшейся в 1945 г. конференции, посвященной развитию рефлекторной концепции. Привлеченный к сотрудничеству в секторе Б. М. Теплов провел исследование психологических воззрений Н. Г. Чернышевского, А. И. Герцена и В. Г. Белинского. Он же представил в журнал «Большевик» (ныне «Коммунист») рецензию на сборник трудов И. М. Сеченова. В ходе обсуждения предмета диссертации остановились на теме «Учение И. М. Сеченова об ощущении и мышлении». Однако на этом дело не кончилось. В то время началась борьба с «космополитизмом», и на этом основании дирекция Института философии АН СССР уволила С. Л. Рубинштейна.
Всем аспирантам дирекция предложила проконсультироваться у Б. М. Теплова по поводу своих работ. Когда я назвала Борису Михайловичу свою тему, то он, к моему великому удивлению, сказал: «А стоит ли браться за эту тему? Ведь у Сеченова статья „Кому и как разрабатывать психологию?“ — каких-нибудь двадцать страниц. Что вы об этом напишете?» Я никак не ожидала такого отношения к сеченовской теме. Ведь Борис Михайлович тогда только что написал одобрительную рецензию на сборник трудов И. М. Сеченова, составленный В. М. Кагановым. Мне, начавшей заниматься событиями в психологической науке сеченовского периода, открылась такая бурная борьба идей, что я лишь изумлялась обилию материалов, страстностью споров, возникших вокруг учения И. М. Сеченова. Мне не хотелось отрекаться от намеченной темы. Однако через месяц Президиум Академии наук СССР восстановил С. Л. Рубинштейна на работе. Он взял на себя руководство моей диссертацией. Так началось мое учение у Сергея Леонидовича, продолжавшееся до конца его дней. И вот уже окончена аспирантура, прошла защита, подготовлена моя первая книга под редакцией Сергея Леонидовича, затем — вторая.