По некотором умножении братии, как сообщает монастырская хроника, Нифонт отправился в Москву хлопотать об устроении монастырском, но пропал без вести. Его место занял Серапион. Бывший татарский царевич и стал первым строителем Кожеозерской Богоявленной пустыни. Во времена Бориса Годунова монастырь пользовался поддержкой московского правительства и служил местом ссылки. Ссылали на Кожозеро и при Михаиле Федоровиче, и при Алексее Михайловиче.
Каков был первоначальный облик монастыря, трудно сказать. Можно предположить, что здесь стояло несколько рубленых келий и других построек вокруг деревянной Богоявленской церкви на мысу против Лопского полуострова. Место это и ныне угадывается по трем кряжистым соснам и фундаменту сгоревшей церкви.
Песчаный мысок отделял от острова узкий, но глубокий пролив. Очевидно, здесь когда-то существовал деревянный мост на «городнях» — срубах, заложенных камнями, но со временем трудами не одного поколения монахов пролив был засыпан камнем и песком. Озерные волны тоже наносили песок, перешеек расширялся и достиг такой ширины, что позднее на нем возвели двухэтажную монастырскую гостиницу и трапезную для богомольцев. Остров стал полуостровом, как его ныне и называют.
Почему монастырь начал строиться не на острове, понять можно. Берега здесь низкие, песчаные, кругом болота, подходящую землю для полей и пожен можно было сыскать только на острове. Монахи руководствовались давним правилом северного поселенца: беречь каждый клочок плодородной земли. Выжгли и раскорчевали лес в южной части островного плато, распахали поля. На острове было удобно разводить скот: он не разбредался по окрестностям и не терпел урона от дикого зверя.
Так и стоял небольшой монастырь в стороне от проезжих дорог. Один путь был сюда — шестидесятикилометровая тропа от села Прилуки на Онеге, да и та проезжая лишь в зимнее время…
Озеро всегда было таким же, всегда прекрасным. Оно лежало слепящим зеркалом в погожие дни и бушевало в дни ненастные; зимой обращалось в огромное белое пространство, по которому гуляли, завивая поземку, свирепые сивера; долго, до середины мая, лежало ноздреватой ледовой массой, а в закраинах и полыньях уже гомонила прилетная водоплавающая птица…
Столь же удивителен, как и в давние времена, заповедный Лопский остров-полуостров. К югу ниспадает он мягким земляным склоном, к северу обрывается отвесными скалами — щельями. Мысы его выступают диабазовыми плитами — лудами; береговая кромка, как и везде по озеру, — то окатанные волнами булыжины, плотно пригнанные друг к другу, как на мостовой, то вытянувшиеся мелководные песчаные пляжи. На три четверти покрыт он лесом, где сосновым, где сырым еловым. Что вдоль, что поперек — две версты. Полуостров лежит в северном, Зимнем конце озера, и отсюда открывается во всей своей бескрайности, где-то далеко, в двадцати верстах, южный, Летний конец.
Несколько речек и речонок втекает в Кожозеро. Все они каменисты и порожисты. В Летний конец впадает река Тура. По ней проникают в Кожозеро туристы-байдарочники с Ундозера, пройдя часть пути волоком. С запада впадает речка Подломка с притоком Никодимкой. Некогда она называлась Хозъюга и переименована в память пустынника Никодима, тридцать лет прожившего здесь в уединении.
Из Зимнего конца вытекает река Кожа, по которой и названо озеро.
Бурная и порожистая почти на всем протяжении, в истоке, как и в устье, она выглядит вполне мирно и представляет собой широкую водную дорогу среди стоящих в торжественной тиши лесов, а вскоре входит в небольшое лесное озерко с приветливым именем — Доброе. Но за озерком реку уже не назовешь доброй: начинается каменистый Мельничный перекат, за ним порог того же названия — некогда здесь стояла водяная мельница, — и дальше порог на пороге, а потом…
Вы будете плыть, подгоняемые быстрым течением, всматриваясь в кипящие буруны и окатываемые водой камни. Если день ветреный, привыкнув к шуму реки и шуму ветра, можно не обратить внимания на нарастающий равномерный гул: покажется он гулом ветра над северной тайгой, и опомнитесь вы, только вылетев из-за поворота реки и увидев вблизи перегородившую путь белую кипящую массу между выступающих скал. Тогда надо успеть пристать к берегу Это — Падун.
Падун — каскадный водопад. На протяжении немногим более ста метров вода падает почти на восемь метров. Река здесь срывается с четырех уступов. Скалы, кажется, совсем перекрыли реку, и она с трудом пробила в них протоку не шире десяти метров в самом узком месте, и ревет, и несется с безумной скоростью.
Проходя по тропке правым берегом вдоль Падуна, видишь захватывающую картину: вдруг, наткнувшись на скалы, будто вскричав обиженно от неожиданности, срывается река с первого уступа и бросается в стороны, ища более легкого пути, растекаясь боковыми протоками, но скалистая гряда не пускает в обходу безжалостно рвет речные воды о выступающие глыбы. Вода бунтует, вскипает и белой пеной летит, охая и стеная, с уступа на уступ и, после того как грохнется с последнего уступа, долго еще кипит и жалуется на нижнем каменистом перекате…