Противник за границей светового пятна оказался почти не виден, в то время как броненосцы для него как на ладони. Это привело к тому, что в результате первой же японской атаки сразу несколько торпед взорвалось в только что законченном новом боне или даже во внутренней линии сетей, а еще три в скалах рядом. Если бы противоторпедная защита оставалась на изначальном уровне, отряд был бы разгромлен. А так корабли почти не пострадали (небольшие прогибы обшивки и течи можно было не принимать в расчет). Разглядеть как следует и пересчитать нападавших снова не удалось.
Беглого осмотра заграждения, проведенного сразу после отражения атаки, оказалось достаточно, чтобы понять, что безопасность оно уже не гарантирует. А ночь вокруг продолжала сверкать вспышками. Обоим броненосцам пришлось срочно менять позицию, что было не просто, так как из соображений минимальной заметности на них держались пар
Но, судя по всему, противник уже не имел крупных сил. Разрозненные нападения небольших судов, не более трех кораблей одновременно, хоть и следовавшие одно за другим, достаточно легко отбивались патрулировавшими на подступах к заливу нашими катерами и миноносцами совместно с батареями.
Залпы осветительных ракет с горы ночью с 24-го на 25 сентября хорошо видели от Кокинай. С началом стрельбы у Хакодате «Днепр», снова дав ход, маневрировал в пределах своей позиции. Ждали неминуемой схватки, поскольку в течение дня японцы наверняка разглядели огромный пароход со своих парусников, часто появлявшихся на горизонте со стороны южного берега пролива.
Командир крейсера считал, что на ходу была возможность уклониться от торпед, в то время как, стоя на якоре без сетей, отбиться не слишком многочисленной артиллерией шансов не имелось никаких. Чтобы в темноте не вылезти на отмель и не задеть своих, оба дозорных парохода, охранявших стоянку днем, отправили ближе к мысу Мутунегаши, используя зажженные на них пиронафтовые фонари как навигационные знаки.
В 01:34 пушки «Днепра» открыли огонь по неизвестным миноносцам, отходившим на запад после атаки входного канала порта. Три однотрубных силуэта оказались довольно хорошо видны в четырех кабельтовых слева по борту на фоне догоравших осветительных ракет у гавани. Результатов огня не наблюдали, так как цели скрылись за всплесками, а ракеты быстро погасли. Потом еще несколько раз маневрировали, уклоняясь от подозрительных теней, но больше не стреляли. Своим боевым освещением с парохода-крейсера не пользовались.
Когда утром 25 сентября на «Николае» подвели итоги, получилось, что вторая ночь обошлась гораздо меньшими потерями. Пострадали только патрульные силы, потерявшие одно судно потопленным, и поврежденными в разной степени были еще восемь, что, по сути, обескровило их. Создавалось впечатление, что это делалось осознанно. В западном устье видели корабли, явно искавшие наши патрульные суда. А в проливе, помимо стоянки броненосцев, объектом целенаправленного нападения стала охраняемая гавань Есан под мысом Есамазаки, атакованная артиллерией и торпедами уже перед самым рассветом.
Однако трем батареям, развернутым в районе Касиваноте, удалось достаточно быстро отогнать противника и не позволить добить уже горящий угольщик и подбитые суда. В итоге от японских снарядов и торпед затонул только один из патрульных каботажников. Еще три были сильно повреждены, причем два из них пришлось приткнуть к отмели, чтобы не потерять. Основной удар принял на себя волнолом из затопленных пароходов и шхун. Все пушки на нем вышли из строя. Отмечалось, что артиллерийский огонь с японских истребителей был необычайно плотным.
Одновременно с проливом Цугару и бухтой Мацумаэ в ночь с 23-го на 24 сентября подвергся нападению и порт Муроран. При этом с самого начала нашим радиопереговорам активно препятствовали мощной искрой со станций типа «Маркони». Помехи сохранялись на протяжении всей ночи. Вдобавок оказалась перерезанной проводная связь крепости Хакодате с постами наблюдения на противоположном от Мурорана берегу у входа залив Уциура, так что ракетные сигналы об атаке, что подавали с «Нахимова», видели с горы Камиготаке и из селения Мори, но не имели никакой возможности сообщить об этом Небогатову. Отправлять посыльных в ночь не рискнули.