Перед отходом войск из Севастополя князь А.С. Меншиков оставил вице-адмирала В.А. Корнилова начальником Северной стороны города, а вице-адмирала П.С. Нахимова – Южной. Тогда же было принято решение о назначении Нахимова главнокомандующим флотом и морских батальонов в случае отсутствия по каким-либо причинам Корнилова в Севастополе.
И Корнилова, и Нахимова любили на флоте. Но Корнилова любили как доброго барина, хорошего начальника и знатока своего дела, хотя по своим человеческим качествам он все же уступал Нахимову, целиком жившему интересами флота. Недальновидное решение Меншикова о распределении обязанностей между двумя адмиралами, при котором у них были равные права, могло привести к спорам и пререканиям. Нахимов был старше годами и службой Корнилова, однако он прекрасно знал, что Корнилов имеет больше специальных знаний и административного опыта. Главное же заключалось в том, что Нахимов был не похож на многих честолюбивых военачальников, думающих больше о престиже, чем о деле. На военном совете он отдал себя в полное подчинение Корнилову. Это сохранило единство командования гарнизоном.
На военном совете 9 сентября, собранном Корниловым, было принято решение о дальнейшей судьбе Черноморского флота. Некоторые моряки, в том числе Корнилов, понимавшие, что русский флот не способен сражаться с флотом союзников, тем не менее предлагали выйти в море, чтобы погибнуть с честью. Корнилов считал, что наш флот погибнет, но и флот противника будет обескровлен, понесет серьезные потери и не сможет принять участие в штурме города. В случае невозможности нанести поражение противнику корабельной артиллерией Корнилов предлагал сцепиться на абордаж, взорвать себя и часть флота союзников. А без поддержки флота сухопутная армия действовать не сможет.
За морское сражение был и Нахимов. Однако большая часть членов совета поддержала принятое еще сразу после Альмы А.С. Меншиковым решение о затопление части старых кораблей, чтобы преградить судам союзников вход в Севастопольскую бухту. Моряков с этих кораблей предполагалось по плану Меншикова включить в состав севастопольского гарнизона, а корабельными орудиями усилить гарнизонную артиллерию. На кораблях стояли мощные бомбические пушки, а на севастопольских батареях – в основном пушки малых калибров; кроме того в гарнизоне ощущалась острая нехватка артиллерийской прислуги, что также решалось с помощью привлечения опытных морских артиллеристов.
Не согласившись с мнением совета, Корнилов распустил его и отправился к главнокомандующему. Однако Меншиков согласился с мнением совета, он твердо решил исполнить задуманное. Князь даже предполагал отправить Корнилова из Севастополя в Николаев, поручив затопление кораблей кому-либо другому. Однако начальник штаба Черноморского флота не мог покинуть город. Он выполнил приказ командующего. Корнилов в своем приказе морякам писал:
«Товарищи! Войска наши после кровавой битвы с превосходящим неприятелем отошли к Севастополю…
Вы пробовали неприятельские пароходы и видели корабли его, не нуждающиеся в парусах. Он привел двойное число таких, чтоб наступать на нас с моря; нам надобно отказаться от любимой мысли разразить врага на воде; к тому же мы нужны для защиты города, где наши дома и у многих семейства… Грустно уничтожать свой труд: много было употреблено нами усилий, чтоб держать корабли, обреченные жертве, в завидном свету порядке; но надо покориться необходимости: Москва горела, а Русь от этого не погибла…»
П.С. Нахимов – наиболее решительный сторонник активных действий флота против неприятельских морских сил – также был вынужден прийти к подобному выводу: «…Приложение винтового двигателя окончательно решает вопрос о нашем настоящем ничтожестве на Черном море. Итак, нам остается одно будущее, которое может существовать только в Севастополе; враги наши знают цену этому пункту и употребят все усилия, чтобы завладеть им… Если неприятельские корабли утвердятся на рейде, то, кроме того, что мы потеряем Севастополь и флот, мы лишимся всякой надежды в будущем; имея Севастополь, мы будем иметь и флот; однажды же отданный – отнять без содействия флота невозможно, а без Севастополя нельзя иметь флота на Черном море; аксиома эта ясно доказывает необходимость решиться на всякие меры, чтобы заградить вход неприятельским судам на рейд и тем спасти Севастополь».
Утром 11 сентября 1854 г. у входа в Севастопольскую бухту, поперек рейда, были затоплены парусные линейные корабли «Силистрия», «Варна», «Уриил», «Три святителя», «Селафаил» и два фрегата – «Флора» и «Сизополь». Через некоторое время для усиления заграждения рейда дополнительно ушли под воду линейные корабли «Двенадцать апостолов», «Святослав», «Ростислав», фрегаты «Кагул», «Месемврия», «Мидия».