Наполеона также критиковали за семейственность в армии. Действительно, император во время русской кампании доверил брату Жерому, который никогда прежде не участвовал в военных действиях, командование тремя армейскими корпусами пехоты и одним корпусом кавалерии. В том, что из этого получилось, винить Наполеону было некого, кроме себя самого. Несколько дней спустя после начала кампании он писал Бертье: «Скажите королю Вестфальскому, что маневрировать хуже, чем он, невозможно».
К тому же, если учесть его признание, сделанное на острове Святой Елены, о том, что «едва ли во всем мире можно найти двух офицеров, которые могли бы командовать хуже Мюрата», остается только гадать, что же (если не мольбы его сестры Каролины) заставило императора назначить главным адмиралом французского флота своего зятя. Почему-то именно по отношению к Жерому, ставшему в 23 года королем Вестфалии, Наполеон проявлял чрезмерную родственную поддержку: «Я видел немного людей, у которых было так же мало чувства меры, как у вас. Вы ничего не знаете, и ведете себя как бог на душу положит, вы ничего не решаете разумом, вами движет лишь пылкость чувств». В постскриптуме Наполеон добавил: «Друг мой, я люблю вас, но вы ужасно молоды». Во время прусской кампании 1806 года солдаты даже сложили песню, в которой были такие слова: «Мы идем завоевывать королевство для младшего брата Жерома».По логике вещей, Наполеон I должен был столкнуться с обвинениями в семейственности. Известная в то время карикатура «Крах фабриканта воска», кроме всего прочего, намекала на королевские титулы, созданные Наполеоном специально для своих братьев и сестер. В названии карикатурист использовал игру слов «сир» и «воск» (sire — обращение к королю и cire — воск по-французски звучат одинаково). На самой карикатуре все короли-родственники были изображены в виде восковых свечей, освещающих ярмарочный балаган. Наполеон очень неловко защищался против такого обвинения: «Если во мне самом и в моем воспитании и есть какой-либо изъян, так он заключен в том, что появился я совершенно неожиданно, из толпы. […] Какая поддержка наиболее естественная, как не родственная?»
Надо сказать, что Наполеон III действовал точно так же, но он даже и не помышлял о подобных объяснениях.Недостаточная прозрачность управленческих структур и отсутствие ясности в отношениях лиц, наделенных властью, стали причинами многих конфликтов между императором и его братьями, которые, приняв символы власти, были, однако, лишены всех ее атрибутов. Раздавая троны своим родственникам, Наполеон желал видеть их лишь правителями-марионетками в его руках. Своему зятю Мюрату, королю Неаполитанскому, он напоминал: «Для ваших подданных вы должны быть королем, но для императора — вице-королем».
Брату Луи в июле 1807 года Наполеон послал короткую записку: «Я хотел бы, чтобы вы приказали с 1 января будущего года считать Кодекс Наполеона основным законом вашего народа». Не в силах защитить своих голландских подданных, особенно во время континентальной блокады, Луи в 1810 году отрекся от престола в пользу своих сыновей Наполеона-Луи и Шарля-Луи-Наполеона (будущего Наполеона III). Хотя отречение было признано голландским парламентом, Наполеон его не признал и присоединил страну к Французской империи, разделив ее на департаменты.