Нельсон взял курс на Александрию и прибыл туда 28 июня, однако, не обнаружив французов, 29-го он снова вышел в море. Поскольку французский флот двигался медленнее, англичанин опередил его и прибыл в Александрию первым. Французы появились там на следующий день после отплытия Нельсона. Поразительно, что два флота, потерявшие друг друга, фактически шли один за другим буквально по пятам, приближаясь настолько близко, насколько это вообще было возможно. Теперь британский флот продолжал поиск противника у берегов Турции.
Захватив по пути Мальту и оставив там гарнизон, французы 27 июня подошли к египетскому берегу. Затем, уже ночью, Бонапарт приказал фрегату «Ля Жюнон» идти к Александрии, чтобы взять на борт французского консула и выяснить, какие сведения он может предоставить. Двадцать девятого числа, в час дня, «Ля Жюнон», чуть было не встретившись с британским флотом, подошел к Александрии и встал на якорь. В город на поиски консула был послан отряд, который вернулся на корабль лишь около полуночи. В результате опроса выяснилось, что высадка непосредственно в Александрии была невозможна, так как ей было бы оказано противодействие. Сточки зрения моряков, наиболее предпочтительным местом для высадки был пологий участок берега в районе Абукира, который находился на расстоянии пятнадцати миль к востоку от Александрии. Однако, учитывая необходимость действовать поспешно (ввиду возможного появления флота Нельсона) и несмотря на возражения моряков, местом высадки была выбрана бухта Марабу, которая лежала в восьми милях к западу от Абукира. Высадка началась в полдень 1 июля. Бонапарт был намерен выгрузить все пять дивизий. Дивизии Мену, Дезэ и Реньера находились на транспортных судах в трех милях от берега, тогда как дивизии Клебера и Боннэ – на военных кораблях, которые стояли примерно вдвое дальше от берега. Высадка продолжалась всю ночь и проходила в атмосфере полного хаоса и множества неприятных случайностей. Море было неспокойным, и многие страдали от сильнейшей морской болезни. Примерно в 4 часа пополудни 1 июля Бонапарт покинул свой флагманский корабль и перебрался на борт мальтийской галеры. В час ночи он с небольшого баркаса наконец и сам высадился на берег, где уже находилось около 5000 человек. Значительная часть дивизий Боннэ, Мену и Клебера уже были на суше, однако большая часть дивизии Дезэ все еще находилась в море, а Реньер высадил лишь несколько сотен человек.
В три часа ночи с 1 на 2 июля Бонапарт произвел смотр войск и отдал приказ выступить к Александрии. Он взял с собой дивизии Клебера, Боннэ и Мену, оставив прочих охранять плацдарм. Солдаты, у которых не было ни пищи, ни воды и которые так и не отдохнули, должны были теперь двигаться маршем на Александрию и брать ее штурмом. Лошадей не было, а пушки еще не доставили на берег. Марш все больше привлекал интерес бедуинов, которых набралось до четырехсот всадников. Они вклинивались в промежутки между походными колоннами, показывая свое бесстрашие и мастерство верховой езды, однако не делали попыток по-настоящему атаковать. В восемь часов утра французы подошли к Александрии и заняли позиции у ее стен. Дивизия Мену подошла к городу с восточной стороны и оказалась прямо перед фортом треугольной формы, Клебер подошел с севера, со стороны ворот Помпея, а генерал Боннэ с запада подошел к воротам Розетты.