В 1672 году Ньютон уже четвертый год был магистром искусств Кембриджского Колледжа Святой Троицы. Чтобы сохранить свое место, он, как и все профессора, должен был защитить степень магистра теологии и принять священный сан. Традиционной темой для диссертаций колледжа была тринитарная тематика. Ньютон занялся сбором информации, касающейся ереси арианства. Он изучил все доступные произведения святых отцов и еретиков: св. Афанасия Великого, Тертуллиана, блаж. Августина, Евсевия, Оригена, свт. Василия Великого и многих других. Но произошло непредвиденное – изучая соотношения природы Отца и Сына, Ньютон неожиданно занял позицию еретика Ария. Подобно Арию Ньютон считал, что Сын не единосущен Отцу, но лишь подобен Ему по природе. Иисус Христос для Ньютона стал Сыном Бога, божественным посредником между Богом и людьми посланным на землю для спасения людей и заслужившим почитание за свои заслуги. Но Иисус Христос не был равен Отцу.505
Подобные взгляды, естественно, делали невозможным для Ньютона принятие священного сана англиканской Церкви. В то же время принимать мученичество Ньютон также не собирался и публично своих взглядов никогда не высказывал, говоря о них лишь в личной переписке. Оставлять профессорскую кафедру Ньютону также не хотелось. В итоге ему удалось добиться разрешения короля, разрешившего мирянам занимать эту кафедру.Обстоятельность Ньютона проявилась и в его богословских исследованиях. Можно выделить три крупных богословских работы английского ученого. Первая работа – «Наблюдения над пророчествами Даниила и Апокалипсисом св. Иоанна». В ней Ньютон пытался соединить пророчества с ветхозаветными событиями, показав глубокое знание истории Церкви. Так, он показал, что в пророчество Даниила о пришествии Христа (Дан. 9: 24-25) через «семьдесят седмин» после начала восстановления Иерусалима действительно исполнилось на Иисусе из Назарета с хронологической точностью.506
Интересно и понимание Ньютоном роли пророчеств в жизни людей: Бог «Ньютона является одним из первых исследователей в области критической библеистики. Им написана работа «Исторический отчет о двух значительных искажениях Священного Писания». В этой работе Ньютон, в частности, показывает искажения латинского варианта текста первого соборного послания св. ап. Иоанна. Ньютон справедливо указывает, что присутствующая в современных ему английских изданиях редакция 1Ин. 5.7-8 не соответствует более древним спискам.509
Одновременно с созданием «Математических начал», Ньютон писал еще один важный богословский трактат «Философские истоки языческой теологии». В трактате Ньютон утверждает, что языческое многобожие не является исходной религией человечества.510
Первой религией людей была религия Ноя и его сыновей. Согласно Ньютону, они поклонялись Единому Богу в храмах с огнем в центре, символизирующих гелиоцентрический мир. Языческий культ предков и многобожие, в этой модели, стали лишь результатом искажений истинного богослужения. Духовное понимание Бога и служение ему люди подменили поклонением идолам.511 Ньютон полагает, что Христос пришел, чтобы призвать вернуться к старой религии, а не возвещать что-то новое. Наконец, в этой работе мы видим глубинный смысл исследовательской программы Ньютона. Центральная мысль трактата состоит в том «