После того, как выхлопные отверстия турбин перенесли в другое место и срезали нижние участки обтекателей, выключения прекратились. Для надежности еще добавили тепловой экран, защищающий проводку от высокой температуры.
Наиболее важным пуском для всей программы был второй пуск “Атласа” В, состоявшийся 2 августа. Он продемонстрировал первое отделение разгонных двигателей, стабильную работу маршевого двигателя и отделение носового конуса после включения тормозных двигателей.
28 ноября 1958 года ракета, наконец, достигла межконтинентальной дальности, пролетев 10176 км. Это была расчетная дальность полета без учета вращения Земли. При запусках в восточном направлении, с учетом вращения Земли, дальность полета могла превысить 14000 км.
В декабре 1958 года на испытания вышел Atlas С, обладающий большим стартовым весом и, следовательно, несколько меньшим ускорением при старте, чем предыдущие модификации. Ракета предназначалась для испытаний отделяющейся ГЧ.
Большие трудности во время испытаний вызывал поиск ГЧ с измерительной аппаратурой.
Дважды головные части не были найдены, хотя и снабжались специальными парашютами для замедления скорости падения, поплавками для поддержания их на плаву, сигнальной рацией для вызова поисковых групп и красителями водной поверхности для их обнаружения.
Вновь помог центр им. Арнольда. В аэродинамической трубе исследовали спутную струю падающего конуса. Ответ был неожиданным: дефект заключался в том, что парашюты не раскрывались. Их раскрытию препятствовала турбулентность воздуха позади падающей ГЧ. Научно-исследовательский центр предложил удлинить подвесные стропы парашютов с тем, чтобы парашюты были в относительно спокойном воздухе вне зоны турбулентности.
Первая боевая модификация МБР Atlas D вышла на летные испытания в начале 1959 года. На ракете стояла силовая установка типа МА-2, состоящая из разгонных двигателей XLR-89 и маршевого XLR-105, с тягой в 69 и 25,6 тонн соответственно. Новая головная часть Мк. З заостренного вида, с абляционным покрытием, рассчитывалась под термоядерную боеголовку W-49 мощностью 1,4 Мт.
Первый запуск Atlas D № 3 состоялся 18 марта 1959 года с космодрома Канаверал. Во время пуска был порван обтекатель, окружающий двигатели, и ракету подорвали. Причина происшествия крылась в несовершенной конструкции пускового стола. Ракета удерживалась двумя стержнями на гидравлических замках. Эти стержни шарнирно прикреплялись пальцами в плавающих подшипниках на корпусе “Атласа” и снабжались подкосами, идущими со стороны ракеты к пусковой установке.
Когда тяга двигателей превышала вес ракеты на 3,5 т, из гидравлической системы замков сбрасывалось давление, подкосы выдергивали пальцы, стержни отбрасывались, и ракета поднималась в воздух. Различное давление в гидравлических замках стало причиной того, что один из стержней начал отставать и резать уходящий вверх обтекатель.
Сбрасывание давления из гидросистемы замков изменили таким образом, что отставание стержня было устранено. Позднее изменили и конструкцию удерживающего механизма. Заменив его на А-образную ферму, исключающую возможность захвата юбки стержнями.
Второй и третий пуски Atlas D тоже закончились аварией. Первая ракета взорвалась в воздухе в результате разрушения верхней перегородки топливного бака, а вторая в результате ошибки обслуживающего персонала.
Обеспокоенные военные поставили инженерам задачу устранить все недостатки и довести ракету до стадии боевой готовности к 1 августа 1959 года.
После устранения причин аварий фирма Convair установила на стартовую позицию очередную ракету. 28 июля 1959 года она полностью выполнила программу полета и пролетела около 10000 км. Через 14 дней состоялся последний успешный испытательный запуск. 31 августа МБР Atlas была доведена до стадии начальной боевой готовности.
Начались поставки “Атласов” D в ВВС США. Первые ракеты поступили в 704-е ракетное стратегическое крыло ВВС США (Strategic Missile Wing — SMW) на базе Vandenberg. Это соединение являлось главной тренировочной базой для личного состава.
10 марта 1960 года военные попытались запустить Atlas D на максимальную дальность. Но ракета при запуске взорвалась. 20 мая попытку повторили. На этот раз пуск прошел успешно. Макет ГЧ упал в Индийском океане в 1600 км юго-восточнее Кейптауна и 800 км северо-восточнее острова Принц Эдвард. Ракета преодолела 14500 км за 53 минуты.
Следующей модификацией ракеты стал Atlas Е. На нем стояла новая силовая установка МА-3, состоящая из разгонных двигателей LR-89-NA-5 с тягой 73,4 т и маршевого LR-105-NA-5 с тягой 25,6 т. Кроме увеличения тяги конструкторам удалось уменьшить вес и количество деталей в двигателях.