Денисова пещера в горах Алтая была обитаема в среднем палеолите начиная, возможно, с 300 тысяч лет назад. Именно здесь были впервые обнаружены денисовцы, и именно здесь сохранилась большая часть известных свидетельств.
Однако обнаружение относительно большого количества денисовской ДНК в современных популяциях Юго-Восточной Азии предполагает, что когда-то этот вид был шире распространен в Азии. На данном этапе невозможно сказать, были ли денисовцы чем-то вроде восточного варианта неандертальца, азиатскими потомками
Первые доказательства существования денисовцев появились в 2010 году, когда была опубликована ДНК, извлеченная из части кости пальца. Саму кость раскопали вместе с зубами, крупными и казавшимися архаичными по форме. Часть кости пальца является чем-то вроде археологической загадки. Она была обнаружена российским археологом Анатолием Деревянко, который отправил части кости в две разные лаборатории. ДНК денисовца была обнаружена и опубликована Пэабо из части, отправленной в Институт Макса Планка в Лейпциге. Другая часть пальца была отправлена в Национальную лабораторию Лоуренса Беркли, а затем в две другие лаборатории, и она исчезла где-то в своих путешествиях. Тем не менее реконструкция полного фрагмента пальца до того, как он был разделен и изучен, показывает, что он был удивительно тонкий и современный.
В 2016 году дальнейшие раскопки в Денисовой пещере обнаружили два фрагмента черепной коробки. Кости выглядели крепкими и архаичными, как коренные зубы, найденные ранее, но были слишком неполными, чтобы ученые могли сказать что-то определенное о месте денисовцев в человеческой семье. Денисова пещера была привлекательным местом как минимум для трех разных человеческих популяций: неандертальцев, денисовцев и современных людей. Поскольку многие из человеческих останков – более дюжины – представляют собой крошечные фрагменты, считается, что пещера являлась логовом гиены, так что не все человеческие обитатели пещеры прибыли туда добровольно. Фрагментарность многих костей в Денисовой пещере была проблемой для археологов. Метод, называемый масс-спектрометрической зооархеологией (ZooMS), позволяет исследователям отделить коллаген, вероятно, оставшийся от человека, от того, что принадлежал животным. Затем приходят эксперты по древней ДНК, которые знают, какие крошечные фрагменты наиболее перспективны для дальнейшего изучения.
Кости из пещеры не только предоставили первые доказательства ДНК денисовцев, но и дали нам второй геном неандертальца. Возможно, самые захватывающие доказательства ДНК из пещеры были получены в 2018 году, как по неандертальцам, так и по денисовцам. У женщины, жившей примерно 90 тысяч лет назад (Сванте Пэабо, Вивиан Слоун и их команда дали ей прозвище Денни, именно фрагмент ее кости был впервые взят для изучения методом ZooMS), похоже, была мать-неандерталка, а отец-денисовец. Это самое драматическое доказательство скрещивания между человеческими популяциями.
Данные о денисовцах появляются и в других местах. В 1980 году буддийский монах отправился в карстовую пещеру Байшия на Тибетском плато для медитации. Находясь там, он нашел челюстную кость, в том числе два необычно больших коренных зуба. На протяжении десятилетий челюстная кость оставалась диковинкой, хранившейся в Ланьчжоуском университете в Китае. Затем, в 2019 году, ученые определили ее возраст (160 тысяч лет) и идентифицировали как денисовскую. ДНК из древней кости ученые не извлекали, но использовали метод, называемый протеомной масс-спектрометрией (аналогичный ZooMS, упомянутой выше), чтобы исследовать коллаген в зубах, и он оказался денисовским. Последующие раскопки в пещере обнаружили более позднюю денисовскую мтДНК из отложений, а не из окаменелостей, связанную с населением Сибири. Для нас Тибет стал вторым местом в Азии, где были идентифицированы останки денисовцев.
У тибетского монаха и его денисовского предшественника в этой пещере могло быть еще кое-что общее. Современные тибетцы приспособлены к жизни на больших высотах с помощью гена, регулирующего гемоглобин. Оказывается, у денисовцев был тот же вариант этого гена, и современные тибетцы, вероятно, унаследовали его в результате скрещивания между двумя видами. Удивительно, что денисовцы адаптировались к Тибетскому нагорью, а затем позволили современному населению сократить эволюционный процесс, просто унаследовав ген от группы людей, которая попала туда первой.