Далеко не все в организации зафронтовой работы бригады было гладко. Ее группы зачастую отказывались от поддержания связи со стихийно возникшими или сформированными партийными органами партизанскими отрядами — “местными”, по терминологии бойцов ОМСБОН. С одной стороны, это повышало их безопасность, зато с другой в значительной степени лишало преимуществ базирования на местах и ограничивало разведывательные возможности. Зачастую разведчики и диверсанты не тихо проникали через линию фронта, а прорывались с боем и несли неоправданные потери. У ОМСБОН фактически отсутствовала приданная транспортная авиация, не было соответствующих карт местности и специального оружия и снаряжения. Не менее серьезные проблемы создавали недостаточность индивидуальной подготовки бойцов и отсутствие отдыха на переходах, истощавшее их силы. Однако в целом результаты деятельности отрядов и групп ОМСБОН в тылу противника оцениваются достаточно высоко. С начала 1943 года бригада была переформирована в Отряд особого назначения (ОСНАЗ) при НКВД, а затем при НКГБ СССР.
Существовали и иные формы организации зафронтовой работы. В ноябре 1941 года руководство партизанскими отрядами НКВД и диверсионными группами было возложено на уполномоченных 4-х отделов территориальных органов НКВД, действовавших в тесной связи с уполномоченными при политуправлениях армий. Список задач этих офицеров был крайне обширен. Помимо организации руководства зафронтовыми подразделениями, они отвечали за:
— направление в тыл противника диверсионных групп, разведчиков, связников;
— организацию сети явочных квартир, приемных и переправочных пунктов;
— подбор и подготовку кадров разведчиков, связников, диверсантов для систематической связи с партизанскими отрядами и диверсионными группами, находящимися на оккупированной территории;
— разрушение тыла противника в прифронтовой полосе;
— прием и оформление прибывших из тыла противника разведчиков, связников, диверсантов и доставленных ими материалов;
— организацию связи и оказание помощи подпольным партийным и советским организациям в тылу противника;
— использование направляемых через фронт лиц для ведения партийно-политической и разъяснительной работы среди находящегося на оккупированной территории населения;
— установление связи с местными органами НКВД, партийными и советскими организациями в прифронтовой полосе.
После выделения зафронтовой разведки в ведение 2-го отдела НКВД СССР внешняя разведка по-прежнему оставалась в ведении 1-го управления. В августе 1941 года оно состояло из следующих подразделений:
— секретариат;
— группа А;
— группа Б;
— 1-й отдел (Центральной Европы) — Германия, Польша, Чехословакия, Венгрия, украинское отделение;
— 2-й отдел (Балканский) — Болгария, Румыния, Югославия, Греция;
— 3-й отдел (Западной Европы) — Франция, Италия, Швейцария, Испания, Португалия, Бельгия;
— 4-й отдел (Скандинавский) — Финляндия, Швеция, Норвегия, Дания, Голландия;
— 5-й отдел (Англо-американский) — Англия, США, Канада, Латинская Америка;
— 6-й отдел (1-й Дальневосточный) — Япония, Маньчжоу-го, Корея;
— 7-й отдел (2-й Дальневосточный) — Китай, Таиланд, Синьцзян;
— 8-й отдел (Средневосточный) — Турция, Иран, Афганистан, Индия;
— 9-й отдел (совколоний, оперативного учета, въездных и выездных виз);
— отдел “X” (связь);
— Школа особого назначения (ШОН).
Первые шесть месяцев войны оказались для разведки, возможно, самыми непростыми за весь период ее существования. Следует упомянуть возникшие сложности из-за утраты связи с агентурой в Германии и союзных ей странах, отказ многих агентов от сотрудничества ввиду их сомнений в способности Советского Союза устоять под ударами вермахта. Полноценно работали лишь Энтони Блант и Джон Кэрнкросс в Лондоне и резидентуры в Вашингтоне и Нью-Йорке, остальные точки и источники либо приостановили свою деятельность, либо предоставляли второстепенную информацию.