Вскоре в город прибыл барский архиепископ Урсон, который первым делом поклонился мощам святого, а затем потребовал перенести их в собор.
О строительстве нового храма он не хотел даже слышать. В результате между двумя партиями произошло вооруженное столкновение, в котором погибло четыре человека.
В это время некоторые из моряков вспомнили, что двор Катапани, принадлежавший герцогу Рожеру, пользовался правами патронатства.
Они вынесли из монастыря мощи угодника и поставили их в церковь святого мученика Евстахия, стоявшую в округе Катапанских чертогов и зависевшую от гражданской власти.
На этом споры закончились.
Архиепископ разрешил строить новый храм и без обуви торжественно направился в сопровождении всего соборного духовенства и огромной толпы народа к церкви мученика Евстахия поклониться мощам великого угодника.
Не прошло и нескольких дней после перевоза мощей в Бари, как по всему городу стали ходить рассказы о чудесных исцелениях всех тех, кто успел приложиться к ним.
Если верить рассказу очевидца тех событий западному историку Никифору, в первую ночь по прибытии мощей и на следующий день исцелилось сорок семь человек различного пола и возраста.
В числе их были знатнейший горожанин, армянин с высохшим левым боком, три лунатика, глухонемой, двое сухоруких, два горбатых младенца, трое слепых и много других.
Потом исцеления происходили каждый день.
Была среди исцелившихся и женщина из города святого Вита, страдавшая тяжелейшими припадками.
«Будучи тщательно расспрошена мной, — пишет Никифор, — она сказала, что на нее налетел один большой ястреб, сел на грудь ее и, распростерши крылья, накрыл ее.
Когда он отлетал, вдруг разнесся такой приятный запах, что она думала, что находится в раю. То же самое показали и другие исцелившиеся.
Отсюда несомненно надобно верить, что это был Ангел святого Исповедника, ежедневно стерегущий тело».
Также исцелилась одна девица из Бара, страдавшая чрезмерной болью в коленях, и многие другие.
Такое обилие чудес от мощей святителя Николая и данное ранее обещание моряками расположили барян построить новую каменную церковь в честь святителя Николая.
Начались работы по перестройке здания Корте дель Катапо, которое герцог Рожер пожертвовал для того перестройки в храм святителя Николая.
В скором времени мощи святителя Николая перенесены были во временную церковь, в которой находился алтарь во имя святого первомученика Стефана.
Для надзора за ходом постройки храма и для сбора пожертвований избран был упомянутый выше игумен бенедиктинского монастыря Илия.
Через два года, в 1089 году, постройка храма была окончена.
К этому времени была приготовлена для мощей Святителя серебряная рака, украшенная драгоценными камнями.
Когда церковь была готова, клир и жители Бари попросили папу Урбана II освятить новую церковь во имя святителя Николая и своими священными руками положить в новую раку честные мощи угодника Божия.
Папа Урбан II с радостью согласился на исполнение этой благочестивой просьбы и немедленно со своим собором прибыл в Бари.
Здесь он переложил мощи в новую раку и перенес их в новосозданную церковь святителя Николая и поставил в алтаре.
В новой же церкви был поставлен и гроб, в котором ранее лежали мощи святого угодника.
В него была также отделена и положена часть его мощей.
Затем была освящена самая церковь в честь святителя Николая.
Освящение это последовало 1 октября, причем освящена была нижняя церковь, в которой и до сих пор находятся мощи святого угодника. Верхняя же церковь была освящена только через сто лет.
Некоторое время спустя святитель Николай явился во сне одному благочестивому монаху и сказал ему:
— Благоволением всесильного Бога я пришел к вам в город Бари. Теперь я хочу, чтобы мощи мои были положены под престолом…
Воля святого угодника немедленно была исполнена, и тело его положено под престолом. Там оно находится и в настоящее время.
Вот вкратце история новосозданной церкви, в которой положены и теперь почивают мощи святителя Николая.
После смерти архиепископа Барского Урсона, последовавшей незадолго до освящения нижней церкви во имя святителя Николая, в преемники ему, согласно общему желанию, поставлен был папой Урбаном II 30 сентября 1089 года игумен Илия.
Папа тогда же дал ему титул «архиепископа Барского, игумена церкви св. Николая».
При нем устроен был близ церкви госпиталь и приют для помещения бедных странников.
Этот странноприимный дом существует и поныне. Иностранцам позволяется оставаться в ней бесплатно три дня, туземцам же богомольцам — один день.
При нем же установлено совершать ежегодно 9 мая крестный ход по городу.
По смерти Илии, последовавшей в 1105 году, преемником его по управлению храмом святителя Николая был Евстафий, украсивший церковь мрамором и мозаикой.
По смерти его избран был на его место приор монастыря Всех Святых Melo, и с этого времени настоятели храма святителя Николая Чудотворца именуются приорами.