Министр финансов Граф Михаил Христофорович Рейтерн восстал против новых расходов на Амурский край, которые поглотили к тому времени 47 миллионов, и в марте 1869 года на одном из совещаний высказался в пользу посылки императорской межведомственной комиссии, в составе которой должны были быть представители различных ведомств: финансов, морского, внутренних дел, государственных имуществ и уделов. Её задача – произвести исследования на местах и представить свои окончательные соображения и предложения[131].
Чтобы как-то внести ясность в затянувшиеся споры и принять твёрдое «Соломоново решение», Александр II постановил изучить состояние организационных дел на месте.
Кроме того, ситуация заметно осложнилась после подавления Польского восстания 1863-64 г.г. и ссылки его участников в Сибирь. В Санкт – Петербург стали поступать сведения о намерении среди ссыльных поляков организовать очередной бунт, но теперь внутри России. Численность высланных смутьянов в Сибирь, находящихся в ссылке на окраине России по некоторым оценкам составляло более 20 тыс. человек.
Исходя из сложившейся ситуации, в июне 1869 года в Иркутск был послан генерал-адъютант Иван Григорьевич Сколков с комиссией, имеющий целью лично исследовать Амурский край и Уссурийско-Приморскую область и представить об этом Всеподданнейший отчёт. Император безмерно доверял генерал-адъютанту, так как тот, по его мнению, объективно оценивал обстановку, и всегда отправлял его в те районы империи, где нужно было получить реальную картину сути происходящего на местах.
Историю образования комиссии Сколкова, поведал западносибирскому генерал-губернатору А. П. Хрущов во время их встречи в Омске.
Узнав об этом, военный министр Д. А. Милютин разразился уничижительной критикой в адрес руководителя:
В оценке представителей Военного министерства была видна ведомственная неприязнь к морякам, а характеристика, данная И. Г. Сколкову, носила явно недоброжелательный оттенок. Госкомиссия отправилась на Дальний Восток в конце апреля 1869 г. и возвратилась в Петербург в декабре того же года.