В феврале 1507 года игумен пожаловался на Федора Волоцкого великому князю Василию III и митрополиту Московскому Симону. Он просил государя взять обитель под свое покровительство[453]. По решению Василия III и архиерейского Собора верховным патроном монастыря стал великий князь, однако обитель продолжала платить налоги со своих земель волоцкому князю и оставалась в церковной юрисдикции новгородского архиепископа[454]. Не позднее осени 1507 года Иосиф Волоцкий отправил в Великий Новгород инока Игнатия (Огорельцова), но его не пустили дальше Торжка из-за карантина в связи с эпидемией чумы[455]. Иосиф не стал ничего предпринимать, полагаясь на обещание великого князя сообщить обо всем новгородскому владыке. К тому же в 1508 году тяжелая болезнь приковала игумена к постели. В результате владыка узнал о решении волоцкого игумена с опозданием на два года и был этим сильно уязвлен.
Значительную роль в разжигании конфликта сыграли недоброжелатели Иосифа: князь Федор Рузский, архимандрит Возмицкого монастыря Алексей (Пильемов), митрополичий боярин князь Иван Кривоборский. Как это часто бывает, они представили архиепископу Серапиону поступок Иосифа в ложном свете.
В Великий пост 1509 года владыка прислал волоцкому игумену свою неблагословенную грамоту и отлучил его от священства. Некоторые иноки Волоколамского монастыря советовали своему настоятелю принести повинную владыке. Однако игумен Иосиф вновь обратился к великому князю и к митрополиту, ища у них справедливого суда[456]. В Москве состоялся церковный Собор, на котором отлучение с Иосифа Волоцкого было снято. Архиепископ Серапион превратился из обвинителя в обвиняемого. Не позднее мая 1509 года он был сведен с кафедры. Его дело расследовалось на церковном Соборе в июле 1509 года[457]. По решению Собора архиепископа заключили под стражу в Спасо-Андроников монастырь. Наказание оказалось очень суровым. В обществе все жалели Серапиона. Даже близкие Иосифу Волоцкому люди встали на сторону владыки. Игумену пришлось оправдываться. Подойдя к делу обстоятельно, он составил целую подборку различных примеров из жизни монастырей под названием «Попечение государя и великого князя Василия Васильевича о церквех и монастырех русских». В ней он показал, что еще во времена Василия Темного обители часто переходили под покровительство великого князя.
Но полемика продолжалась. Существует обширная переписка свидетелей конфликта, где каждый излагает свою версию. И как всегда на Руси, оценки эти носят очень жесткий и непримиримый характер. В Кирилло-Белозерском монастыре некоторые иноки отнеслись недоброжелательно к волоцким монахам. Герман (Подольный) тоже не преминул высказаться по этому поводу: после того как еще действующий владыка Серапион запретил волоцкого игумена в служении, Герман назвал всех постриженников Иосифа отлученными от Церкви, хотя игумен Кириллова монастыря Геннадий продолжал причащать волоцких монахов. Борясь за справедливость, Герман порицал церковный Собор, осудивший архиепископа: «…весь собор, побояся царя, и соиде на слабость и неправо суди»[458]. На это Нил (Полев) ему язвительно отвечал: «…и ты аще будешь мужествен и мног разум имаши от Божественных Писаний, и ты иди и обличи царя и весь собор». Больше всего монаха Нила возмущало то, что Герман заступался за еретиков «жидовскаа мудрствующих», говоря: «…нам судити не подобает никого ни верна, ни неверна, но подобает молитися о них, а в заточение не посылать». И при этом призывал кирилловских монахов не садиться за трапезу с волоцкими иноками, как будто те действительно были еретиками.
Нил (Полев) не остался в долгу и ответил довольно резким посланием: «…не своея меры дела начинаеши, яко нога еси, и главе судиши, сиречь митрополиту и всему собору Русския митрополия и отцу нашему и священноиноку игумену Иосифу»[459]. Через некоторое время Герман прислал к Нилу (Полеву) некоего диакона Илью с примирительным посланием. Волоколамский инок объяснил резкость тона обидой за своего духовного отца Иосифа, «житие и подвиги» которого, а также его «правую и истинную веру» он знал. Выпады же в свой адрес Нил охотно простил обидчику. Впоследствии жизнь всё расставила по своим местам. Перед смертью князь Федор Волоцкий примирился с преподобным Иосифом и был погребен в его монастыре. Волоцкое княжество вошло в состав владений Василия III, и великий князь окончательно утвердился в качестве патрона обители. К 1512 году Нил (Полев) благополучно вернулся в Волоколамский монастырь. Великий князь примирился с Серапионом и в частном послании посоветовал преподобному Иосифу сделать то же самое. Спустя годы и волоцкий игумен, и новгородский архиепископ были канонизированы Русской церковью в лике святых.