Первоначальным полем ожесточенных столкновений католиков и протестантов стала Священная Римская империя, ее германские земли (см. карту
). В 1555 г. император, протестантские и католические князья империи заключили Аугсбургский религиозный мир по формуле «чья страна, того и вера». Это значило, что имперские сословия, подчинявшиеся напрямую императору и имевшие представительство в рейхстаге (светские и духовные князья, свободные города и имперские рыцари) получали свободу выбора вероисповедания, а их подданные должны были принимать веру местного государя или эмигрировать. Еще более радикальным компромиссом закончилось противоборство католиков и протестантов-гугенотов во Франции (пиком конфликта стала Варфоломеевская ночь — резня гугенотов, 1572). В 1598 г. основатель новой королевской династии Бурбонов Генрих IV издал Нантский эдикт, гарантировавший права гугенотов. Как и в случае Аугсбургского мира, эдикт был сформулирован в средневековой логике корпоративных и общинных привилегий (а не индивидуальных прав и свобод). Вследствие этого гугеноты получали собственную систему образования, самоуправления и суда, специальных делегатов для лоббирования интересов при дворе и даже 200 крепостей и замков, гарнизоны которых оплачивались королем, но подчинялись гугенотским лидерам. Фактически внутри французского королевства вдобавок к герцогствам и провинциям, часто лишь номинально контролируемым короной, создавалось надтерриториальное полугосударственное образование. Таким образом, религиозный компромисс не смягчал, а укреплял и формализовывал внутренние противоречия, создавая угрозу существующей светской власти.Вызванное распространением протестантизма движение католической контрреформации отстаивало прежние богословские принципы, однако разделяло революционизированное протестантизмом социальное мышление, используя для его насаждения колоссальные ресурсы католической церкви. Церковь перестраивалась: феодальная иерархия частичного делегирования «суверенитета» нижестоящим клирикам-«вассалам» превращалась в централизованную авторитарную структуру. Система взаимных личных обязательств, предполагающая большую степень гибкости и многочисленные частные компромиссы, под влиянием критики реформатов теперь воспринималась как коррупция. Отношения внутри церковной иерархии дифференцировались: абсолютное подчинение власти Римского папы даже периферийных священнослужителей, субординация местным церковным властям в рутинных вопросах службы, формализация и стандартизация главных богословских принципов и обрядов у началу XVII в. начали вытеснять прежнюю систему непосредственной передачи знаний и опыта в межличностном общении клириков. Было принято решение в каждой епархии открыть семинарии для обучения будущих священников, расширялось число университетов как центров высшего богословского знания. Новую модель образования и новое понимание христианского служения распространял созданный в 1534 г. монашеский орден Иисуса (иезуитов). Иезуиты не жили в монастырях, а действовали среди мирян как профессиональные миссионеры. Созданные ими колледжи (коллегии) давали лучшее образование в Европе, сочетая преподавание гуманитарных предметов (включая античное культурное наследие) с осовремененным и лишенным излишнего догматизма богословием. Внутренняя жесткая дисциплина ордена, беспрекословная субординация, подчинение частных интересов и «обычной» морали высшим интересам католической церкви и приказам Римского Папы полностью порывала с «феодальной» политической культурой. По сути, иезуиты создали универсальную модель современной политической власти, основанной на личном служении абстрактному закону (церковному) и прямому подчинению верховному суверену (Римскому Папе — через «оперативное командование» генерала ордена), о которой могли только мечтать светские государи.