Не менее разрушительными результатами увенчались внешнеполитические амбиции Сигизмунда III. Его отцом был шведский король Юхан III, после смерти которого Сигизмунд предъявил свои наследственные права на трон и в 1592 г. был коронован шведским королем, объединив в личной унии две сильнейшие державы Балтийского региона. Это была распространенная практика со времен Средневековья, с личной унии государей Польши в ВКЛ начиналась история Речи Посполитой. Однако для своего успеха объединение двух стран под скипетром одного правителя должно опираться либо на традиционную логику династической легитимности (когда право престолонаследия в силу родственных связей не подвергается сомнению), либо на политическое и легалистское мышление, возникавшее в конце XVI в. и формализующее временный государственный союз в детальных договорах, конституционных актах и т. п. Сигизмунд же хотел действовать в старинной династической логике, но при этом проводить современную политику Контрреформации, т. е. с опорой верховной власти не на династическое право и посредничество сословий, а на абстрактную идеологию.
Это кажущееся теоретическим различие имело самые практические последствия: в протестантской Швеции яростный католицизм Сигизмунда стал вызывать нарастающие опасения. В свое время личная уния между языческо-православным ВКЛ и Польшей не встретила серьезных препятствий из-за религиозных различий. Однако в случае Сигизмунда III речь шла не просто о признании различий, а о политизации и эксплуатации их; он являлся не просто королем-католиком, но королем, проводившим Контрреформацию. Нарастающее недовольство Сигизмундом в Швеции и интриги дяди короля, назначенного регентом на время пребывания Сигизмунда в Речи Посполитой, привели к тому, что в 1599 г. риксдаг (парламент) низложил Сигизмунда III. Возмущенный Сигизмунд начал войну за возвращение короны, которая с перерывами продолжалась до 1629 г. Война окончилась в целом безрезультатно, подобно его попыткам установить централизованное монархическое правление. И точно так же, как и в случае внутриполитической борьбы, кажущееся возвращение прежнего положения дел скрывало глубокие и бесповоротные изменения. Тридцатилетняя война со Швецией установила враждебные отношения между странами, вовлекла Швецию в спор по поводу владений Речи Посполитой в Прибалтике и позволила обернуть притязания на шведскую корону в обратную сторону: если польский король имеет право на шведский престол, не имеет ли и шведский король права на польский? По условиям перемирия 1635 г. военные действия прекращались на 26 с половиной лет, до весны 1652 г. Когда срок перемирия закончился, оказалось, что Речь Посполитая уже совсем не та страна, которая начинала войну со Швецией. Контрреформация сплотила часть общества, создав новую надрегиональную культурную солидарность полонизированных католиков, но при этом оттолкнула другую, и очень значительную часть.
К 1600 г. униатская иерархия стала единственно легальной церковью восточного ритуала в польско-литовском содружестве, одновременно признавая канон и старославянский язык православной церковной службы и верховенство Папы Римского. Наступление на православие сочеталось с постепенной культурной полонизацией православной шляхты. Шляхетский стиль жизни требовал образования, которое в Содружестве предоставляли католические коллегиумы и университеты. Польский язык был языком престижа, культуры и администрации на территории Польского королевства, куда по условиям Люблинской унии 1569 г. были переданы украинские земли ВКЛ. Знатные семьи Литвы, такие как Вишневецкие и Сапеги, еще пару десятков лет назад исповедовавшие православие, переходили в католичество. Шляхта как социальная категория все больше начинала ассоциироваться с католической верой и польской культурой, а православие становилось уделом крестьян и казаков, численность которых и значение многократно возросли к середине XVII в.