Спецификой Контрреформации в Польше-Литве по сравнению с другими европейскими странами было то, что Сигизмунд не восстанавливал утраченную гегемонию католической церкви, а сам нарушал сложившийся за столетия статус-кво, проводя наступательную политику. Эта политика стала возможной благодаря радикальной трансформации социального воображения, нашедшей свое выражение в Реформации (и Контрреформации), когда религия начала восприниматься как самостоятельное явление, отдельное от статуса и привилегий конкретных социальных групп и территорий. Другими проявлениями этой трансформации стало обособление понятия верховной власти и начало формирования представления о «национальных интересах» страны, отдельных от междинастических отношений (появление современной концепции международных отношений историки связывают обычно с окончанием Тридцатилетней войны).
Сигизмунд III действовал на всех трех направлениях: насаждал господствующее положение католической церкви, пытался укрепить королевскую власть за счет ограничения прав шляхты и сейма, стремился расширить владения (в Прибалтике). Однако из-за того, что главной формой нового социального мышления стала зацикленная на религии Контрреформация (а не теория политического суверенитета Жана Бодена, например), успешной была лишь конфессиональная политика Сигизмунда III. Точнее, практически добившись монополии католической церкви в Польше-Литве, Сигизмунд нанес непоправимый урон политической стабильности и в скорой перспективе — территориальной целостности страны. Именно с его правлением традиционно связывают начало упадка политической системы Речи Посполитой.
Как уже подчеркивалось, политическое единство обширнейшей державы — Речи Посполитой — поддерживалось привилегированным положением многоконфессиональной шляхты, имевшей, кроме прочего, право выбора короля (и даже право предлагать свою кандидатуру на престол). Обладая формально равными полномочиями, шляхта была крайне неоднородна: в ее состав входили как простые воины («пахолики»), которым едва хватало средств на покупку вооружения, так и немногочисленные «магнаты», богатые землевладельцы, контролировавшие целые провинции и содержащие собственные дворы. Как показывает история Речи Посполитой XVI века, между рядовыми шляхтичами и магнатами существовало напряжение, и в определенных ситуациях шляхтичи были готовы поддержать короля ради ограничения всевластия магнатов. Сигизмунд III мог бы укрепить власть короля как собственно государственную власть, т. е. основанную на формальных институтах, укомплектованных профессиональными чиновниками на жаловании. Для этого он мог опереться на поддержку шляхты, как это делали другие монархи этой эпохи, ограничивавшие всевластие аристократии за счет опоры на мелкое служилое дворянство.
Однако в этом случае, действуя в логике нового социального мышления (отделявшей «власть» от «владений», «веры», «родовитости» и других атрибутов прежнего нерасчленимого феномена господства), Сигизмунд должен был бы смириться с тем, что, кроме католиков, среди шляхты на его службе были и протестанты, и православные. Столкнувшись с дискриминацией протестантов и православной церкви, православная шляхта литовских и украинских земель и верхи казачества на службе короны озаботились защитой и укреплением сословных привилегий как последней гарантии своего статуса. Попытки Сигизмунда III упрочить власть, не опосредованную поддержкой шляхты, окончательно разбились о Сандомирский «рокош» (восстание оппозиции, возможность которого допускалась в случае тиранических действий короля) (1606−1609). Во главе восставших были как католические, так и православные дворяне, включая литовского магната Януша Радзивилла. Оппозиция сформулировала свои требования в 67 пунктах, которые включали назначения высших чинов сеймом, а не королем, выборы шляхтой местных властей (а не назначения короной), а также изгнание из страны иезуитов (главных проводников Контрреформации) и защиту прав некатолических деноминаций. И хотя формально король вышел победителем из противостояния, ему пришлось сохранить статус-кво, отказавшись от попыток консолидации власти короны, создания регулярной армии и полного запрета православной церкви. Впрочем, за внешней реставрацией порядков второй половины XVI в. скрывалась новая социальная реальность, в которой католическая религия и польская культура насаждались как обязательная норма, а шляхта оказывалась расколотой по конфессиональному принципу.