Нужно при этом отметить, что после разгрома Кучума Москве более не противостояло никакое крупное объединение местных народов. Уничтожение Сибирского ханства создало вакуум власти в лесостепной зоне. Оседлые и кочевые племена тюрок и самоедов (или объединения лингвистически отличающихся родов) стали объектом экспансии и набегов енисейских киргизов, стремительно набиравших силу джунгар и державы алтын-ханов в Халхе (Западная Монголия). Зачастую князья более мелких племен и родов сами искали покровительства далекой Москвы для защиты от набегов кочевников. Характерно, например, что основание Томского острога на землях эуштинских татар последовало после поездки в Москву князя эуштинцев Тояна, который в 1603 г. привез Борису Годунову челобитную, в которой просил принять его род под «государеву высокую руку», построить на реке Томь острог и прислать служивых людей. В обмен на защиту и покровительство Тоян обещал выплачивать ясак от своего рода, а также пытался заинтересовать Москву рассказами о многочисленных соседних племенах и родах, которые могут стать источником ясака.
Основание Томска в 1604 г. привело к контактам и столкновениям выходцев из Москвы с енисейскими киргизами, к стойбищам которых в течение двух десятилетий томские служилые люди и казаки совершали неоднократные походы. Насилие и грабежи, которыми сопровождалось принуждение к покорности киргизов и других тюрко-самоедских племен юга Западной Сибири приводило к ответным действиям — в 1614 г. енисейские киргизы разгромили окрестности Томска. И хотя зачастую князья тюркских и самоедских племен крестились и становились служилыми людьми, в течение XVII века Сибирь оставалась театром непрекращающихся военных действий. Небольшие группы казаков и служилых людей регулярно отправлялись в походы, «побивая» улусы кочевников, каждый раз привозя в остроги ясак — не столько регулярную дань, сколько военные трофеи и награбленное.
Начиная с 20-х гг. XVII в. енисейские и мангазейские служилые люди и казаки начали исследовать бассейны Каменной Тунгуски, Вилюя, а к 30-м гг. XVII в. — Ангары и Лены. Зачастую информация о новых землях поступала от покоренных племен. Так, в 1621 г. енисейские служилые люди узнали от тунгусского князца о богатой реке Илин (Лене), по которой якобы ходили суда «с огненным боем» и по берегам жили скотоводы Йака (якуты). В 1632 г. отряд Петра Бекетова, одного из самых известных сибирских конкистадоров XVII в., основал на Лене Якутский острог. Оперируя из этой новой крепости, казаки и служилые люди стали основывать зимовья для сбора ясака среди якутов и тунгусов, а в 1640–1650-х гг. среди бурят. Здесь, в Восточной Сибири, завоеватели встретили более крупные народы: якуты и буряты насчитывали по 20–25 тысяч человек и могли оказать значительное сопротивление. После основания Якутска якутские князцы-тойоны несколько раз организовывали осаду острога (1633−1634, 1638−1639), нападали на сборщиков ясака. Отчасти такое жесткое сопротивление объясняется беспорядочным насилием, последовавшим за основанием крепостей: при отсутствии серьезной координации ясачные экспедиции из Томска, Мангазеи и Енисейска нападали с целью сбора ясака на одни и те же стойбища по нескольку раз в год. Не существовало норм по сбору ясака и серьезного контроля за тем, сколько мехов оседало в руках сборщиков и воевод, а сколько отправлялось в Москву. При сборе ясака возникли особые категории «поминочного» ясака (в Восточной Сибири — беляк, от якут. биелях — дар), который напрямую поступал сборщикам и воеводам. Для обеспечения покорности «иноземцов» применялась проверенная степная практика, заключавшаяся в аманатстве, когда родственники «лучших людей» из «иноземцов» помещались в остроги в качестве гарантии лояльности. Зачастую аманаты погибали в заключении, что вызывало восстания и нападения на сборщиков.
Нарастающие конфликты с местным населением вынуждали царское правительство принимать меры по упорядочению сбора ясака и умиротворению покоренных земель, что входило в противоречие с интересами воевод и служилых людей как самозваных «баронов» на завоеванных землях, лишь номинально зависимых от верховного сюзерена (царя). История Сибири XVII в. — это история борьбы царского правительства с притеснениями и грабежами, которым местные служилые люди подвергали «иноземцов». Так, в 1676 г. в Москву отправились три якутских князца крупнейших улусов (Мегинского, Хангаласского и Намского), которые просили для себя права судить своих соплеменников и участвовать в сборе ясака. Царский указ подтвердил их статус как князцев и предоставил им право суда по мелким преступлениям. К концу XVII в. среди «иноземцов» Восточной Сибири появилась наследственная группа князцев, обладавшая ограниченным суверенитетом, им было предоставлены широкие полномочия по сбору ясака, суду и управлению местным населением.