В 1689 г. уже 15-тысячная маньчжурская армия подошла к Нерчинску, где состоялись переговоры царского посла Федора Головина с цинскими представителями. Об особой важности, которую цинский император придавал этим переговорам, говорит тот факт, что с маньчжурской стороны в них принимали участие дядя императора и известный полководец Лантань. С цинской стороны в делегацию были также включены иезуиты-миссионеры — португалец Томаш Перейра и француз Жан Франсуа Жербийон. В результате Нерчинский трактат (договор) 1689 г. стал первым дипломатическим актом цинской империи с европейским государством и первым формальным свидетельством принадлежности сибирских земель Московскому царству с точки зрения международного права.
Договоренности о проведении границы там, где никогда прежде не существовало территориальной государственности, затруднялись свободной миграцией местных племен. Так, маньчжурское правительство было раздражено переходом под власть Москвы бурятских и особенно конно-тунгуских родов, традиционно плативших дань маньчжурам. В частности, в 1667 г. под власть Москвы со своим родом передался Гантимур (монг. Гүн Төмөр — «внутренне железный»; в крещении Петр), ставший родоначальником уникальной в сибирской истории семьи титулованных князей Гантимуровых. Конные тунгусы Гантимура составили основу тунгусского казачьего полка. Цинское правительство неоднократно пыталось вернуть крестившегося Гантимура и настаивало на его выдаче. Тем не менее в результате переговоров было решено «не подвергать обсуждению прежде имевшие место различные старые дела. Живущих ныне в Срединном государстве русских людей и китайских подданных, находящихся в Русском государстве, оставить там же на жительство». Для достижения мира Головину пришлось согласиться на эвакуацию всех московских поселений по Амуру и правому берегу Аргуни, а границей между империями стала северная линия водораздела Амура (Хинганский хребет). Учитывая весьма слабые географические представления того времени, на практике это означало создание обширных буферных территорий вдоль северного берега Амура. Нерчинский договор фактически остановил распространение власти Москвы по берегам Амура, изменив ее направление на северо-восток. В начале XVIII в. якутские казаки Афанасия Шестакова начали жестокое завоевание Камчатки, фактически уничтожив местное население. Вплоть до первой половины XIX в. непокоренными оставались чукчи на крайнем северо-востоке Евразии, они категорически отказывались платить ясак и успешно отражали попытки установить российскую администрацию, уничтожая один отряд за другим. В XVIII в. продолжалась сибирская экспансия к югу, в земли казахов, а в середине XIX в. Российская империя, воспользовавшись слабостью Цинской империи, пересмотрела Нерчинский трактат и присоединила Приамурье.
Так, в то время как Речь Посполитая переживала внутренний раскол, а Крымское ханство сокращало сферу политического влияния, их сосед-соперник Московское царство неожиданно получило возможность многократно расширить свою территорию. В этом расширении главная заслуга царской власти была в том, что она воздерживалась от навязывания определенного политического и идеологического режима на присоединенных территориях и пыталась ограничивать своеволие своих официальных и самозваных представителей. В обмен на минимальные расходы военного снаряжения и отправку ограниченного контингента служилых людей (исчислявшегося сотнями, а позже несколькими тысячами человек) Московское царство приобрело колоссальный материальный ресурс. Сибирские меха служили универсальной валютой («курс» которой только вырос с началом похолодания в XVII в.). Эта валюта позволила пережить разорение Смутного времени и сохранить экономические связи, предотвратившие распад страны, а также оплатить создание современных государственных институтов. Не в последнюю очередь, видимо, сибирские меха сыграли свою роль в способности Москвы присоединить украинское гетманство, выдержав очередную многолетнюю войну с Речью Посполитой и предложив казакам невероятный реестр в 60 тысяч человек на казенном содержании.