Попытка России восстановить в полном объеме «конституцию» Речи Посполитой времен Люблинской унии привела к глубокому расколу в стране, поскольку в реальности сторонники сохранения древних шляхетских привилегий и те, кто был готов признать равноправие православных и протестантов (две составные части старой «конституции»), теперь представляли два противоположных политических лагеря. Репнину удалось выполнить инструкции Санкт-Петербурга и навязать волю императрицы сейму, собравшемуся в Варшаве в октябре 1767 г. 27 февраля 1768 г. сейм утвердил документы, уравнивающие «диссидентов» в правах с католиками и признающие Россию в качестве гаранта сохранения старой политической системы. Решения сейма были ратифицированы Станиславом Августом и Екатериной II, а 29 февраля в крепости Бар на юге страны, недалеко от границы с Крымским ханством, недовольная шляхта созвала конфедерацию, требующую отменить решения сейма. 26 марта король Станислав Август обратился к Екатерине II с просьбой помочь против армии Барской конфедерации, и вскоре начались боевые действия. Российский экспедиционный корпус без труда громил силы конфедератов, однако события вскоре вышли за пределы «традиционной» борьбы политических группировок. В сложной политической обстановке «барочной» Речи Посполитой попытка навязать силой российского оружия современный просвещенческий принцип равенства всех конфессий буквально реанимировала атмосферу религиозных войн эпохи контрреформации и тридцатилетней войны XVII в. Никто не воспринимал достижение формального равенства как компромисс: для Барских конфедератов это означало ущемление господствующего положения католической веры и зависимость страны от России, для православного (главным образом, крестьянского) населения это означало победу над католиками и также установление российского господства.
В мае 1768 г. на правом берегу Днепра, недалеко от Чигирина, вспыхнуло восстание «колиив» — православных крестьян и гайдамаков (вооруженных отрядов южного пограничья, промышлявших разбоем). Движение колиив (скорее всего, от названия забойщиков скота в украинских селах) было спровоцировано тем, что политический конфликт в стране обрел форму религиозной войны, и подпитывалось острыми социально-экономическими противоречиями в регионе, где существовало традиционное этноконфессиональное «разделение труда»: православные крестьяне находились в зависимости от католической шляхты — землевладельцев, а евреи выполняли посреднические функции. По форме колиивщина не отличалась от кровавых событий середины XVII в.: восставшие массово убивали евреев и «поляков», вырезав население нескольких крупных городов региона, включая Умань. Однако это было нечто большее, чем очередная вспышка религиозного фанатизма. Восставшие считали, что действуют по прямому приказу императрицы Екатерины II и в интересах Российской империи, то есть являются участниками политического процесса.
Собственно, восстание началось с получения одним из его предводителей, бывшим запорожским казаком Максимом Зализняком, «Золотой грамоты» Екатерины II с указанием защищать православную церковь и истреблять ее врагов (вероятно, эту подделку изготовил игумен Свято-Троицкого Мотронинского монастыря недалеко от Черкасс, куда собирался поступить иноком Зализняк). Лидеры движения выдавали по монете (якобы петербургской чеканки, на самом деле добытой в результате грабежей) за каждого убитого «врага православия», что дополнительно стимулировало убийства «неправославных», включая многочисленных старообрядцев. Даже генерал-губернатор Малороссии граф Румянцев поначалу допускал, что повстанцы могли располагать некой подлинной грамотой императрицы. Ситуация усугублялась тем, что повстанцы действовали в непосредственной близости от границы с Крымским ханством, где по договору с Османской державой Россия не имела права развертывать войска. Таким образом, колиивщина брала на себя борьбу с Барской конфедерацией там, где не могли действовать войска Российской империи (на деле уничтожая преимущественно мирное население, не имевшее никакого отношения к конфедератам), демонстрируя на примитивном и прямо варварском уровне определенную гражданскую и политическую позицию.
Российское правительство поспешило направить войска для подавления колиивщины, защищая население Речи Посполитой в соответствии с принятыми на себя обязательствами гаранта стабильности — но было уже поздно. Повстанцы спровоцировали в конце июня пограничный конфликт в местечке Балта (в современной Одесской области). Хотя российская сторона пыталась оправдаться за инцидент и публично наказала виновников нападения в присутствии представителей Османской империи, султан Мустафа III воспользовался этим поводом для объявления войны в начале октября 1768 г. Таким образом, всего за один год успешные усилия Екатерины II по насаждению желаемого порядка в Речи Посполитой привели к полной дестабилизации этой страны и ввергли Российскую империю в большую и затяжную войну, завершившуюся только летом 1774 г.