Разумеется, что теперь, имея всего три исправных броненосца, ни о каких не то что активных, а вообще- действиях Тихоокеанской эскадры не могло быть речи. "Ремонтируемся, отстаиваемся и ждём 2-ю эскадру",– было объявлено во всеуслышание.
Стало быть, насущной необходимости
Главнокомандующему Манчжурской армией и флотом Тихого океана – оставить Мукден и перенести штаб в полублокированный Порт-Артур – ни найти, ни придумать не удаётся. Время работало на японцев. Огромный воздушный шар, русскую Манчжурию, неприятель готовился ткнуть толстенной иголкой. Наступало время корейскому плацдарму послужить "трамплином для прыжка в Азию". Как раз в это время 1-я японская армия была всего в недельном переходе от пограничной реки Ялу, являющейся краеугольным камнем японского плана войны. На конец апреля- начало мая планировалось вторжение этой армии в Манчжурию, занятие важного узла дорог Фынхуанчена и обеспечение высадки 2-й и 4-й японских армий на квантунское побережье. Задачей же русского главнокомандующего являлся срыв японского плана, недопущение форсирования реки Ялу, находящейся на совсем другом стратегическом направлении.В войну теперь вступала армия. Правый берег р. Ялу, этого "манчжурского Рубикона", прикрывал русский Восточный отряд под командованием генерал-лейтенанта М.И. Засулича (20 000 солдат и офицеров, 62 орудия, 8 пулемётов), который подчинялся командующему Манчжурской армией генералу от инфантерии А. Н. Куропаткину. Над Куропаткиным стоял Алексеев, который так хорошо понимал всю важность рубежа реки и те последствия, которые произойдут в случае её перехода неприятельской армией- он бил об этом во все колокола целый январь 1904 года. Как Главнокомандующий, Алексеев должен был контролировать деятельность Куропаткина и Засулича в этом locus minoris resistenciae.
Между тем, Евгений Иванович всё бросил, всё, и срочно уехал в становящийся второстепенным участком Порт-Артур, и целые три недели оставался там, фактически выпустив стратегическую ситуацию из-под контроля. 29 апреля-2 мая 1904 года ген. Куроки форсировал Ялу у д. Тюренчен, наголову разгромил отряд ген. Засулича и вторгся в Манчжурию!
А Алексеев в Порт-Артуре бездействовал и отдавал по эскадре парализующие приказы, отовсюду вытравливая "макаровщину". Неужели он не понимал, что сейчас нужнее в ставке, в Мукдене, а надзор за наполовину уничтоженной эскадрой, чинящейся и отстаивающейся на внутреннем рейде Порт-Артура, лучше поручить хоть своему заместителю адм. Витгефту, с которым работал с 1899 года.
Японцы беспрепятственно ставили мины и усиливали ближнюю морскую блокаду несчастной приморской крепости, устроив базу на островах Элиот. Внешний рейд теперь караулили даже по ночам японские миноносцы. С этим Алексеев и не пытался бороться. В ночь с 27 на 28 апреля, одновременно с началом наступления 1-й японской армии, адм. Того предпринял третью закупорочную операцию, послав ко входу на внутренний рейд Порт-Артура 12 брандеров в сопровождении крейсеров.
Адм. Алексеев успел поднять флаг на канонерке "Отважный" и лично поприсутствовать при отражении неприятеля. Это стало его первым и последним морским сражением. Неприятеля успешно отразили по разработанному Макаровым сценарию, но 5 мая японский флот начал высаживать 2-ю японскую армию под носом у русского флота, наплевав на близость 4-х исправных броненосцев, 5 крейсеров, нескольких канонерских лодок, два десятка миноносок и лично адмирала Е.И. Алексеева…
Наверное, причиной возвращения в Порт-Артур были всё же угрызения совести. Алексеев не мог не думать о том, что все беды Тихоокеанской эскадры, в том числе и гибель Степана Осиповича, являются следствием ошибочного решения о переводе главных сил из безопасного Владивостока в опасный и совершенно необеспеченный ни с моря, ни с суши Порт-Артур, в котором война станет кошмаром, а недостроенная крепость – могилой эскадры. А Алексеев – главным виновником гибели эскадры – неважно, перед судом истории или государевым судом. (Ген. А.М. Стессель в 1907 г. за сдачу Порт-Артура был приговорён к расстрелу). Евгений Иванович не мог воевать, не исправив ошибки, он не мог посадить это грязное пятно на родной флот! Призрак разбирательства и осуждения мучил его постоянно, самых первых секунд, с первых же взрывов торпед под броненосцами. Несколько часов тогда понадобились адмиралу, чтобы собраться с духом и известить государя об японском нападении…
20 апреля новым командующим флотом Тихого океана был назначен вице-адмирал Н.И. Скрыдлов, командующий морскими силами Чёрного моря, а начальником Тихоокеанской эскадры – вице-адмирал П.А. Безобразов, его старший флагман. Обоим адмиралам предстоял далёкий путь с Чёрного моря на Жёлтое, и Алексеев всё продолжал держать флаг на "Севастополе".