Пока комиссия «пересматривала» прежние законы о евреях, реакционное правительство Дмитрия Толстого энергично работало над созданием новых репрессий вне законодательного порядка, в форме «высочайше утвержденных мнений Комитета Министров». Высшая комиссия в течение ряда лет служила лишь ширмою для прикрытия жестоких экспериментов власти: там высшие сановники предавались размышлениям о еврейском вопросе и придумывали способы его решения в будущем, а тут министры уже решали его на практике в духе крайней юдофобии, которым был заражен и сам царь. Запоздалая коронация Александра III в мае 1883 г., принесшая в традиционном манифесте льготы и облегчения разным слоям населения, ничего не принесла евреям. Царь внимательно прислушивался к голосам тех усердных губернаторов и генерал-губернаторов, которые в своих ежегодных «всеподданнейших отчетах» развивали модную идею о «вредности» еврейства; он часто делал на этих отчетах пометки, имевшие значение приказов. Одесский генерал-губернатор Гурко доносил в 1883 г. о чрезмерном росте числа учеников-евреев в гимназиях и о «вредном влиянии» их на товарищей-христиан, причем предлагал установить ограниченную процентную норму для приема евреев; царь на этом отчете написал: «Я разделяю это убеждение, на это необходимо обратить внимание». Комитет министров «обратил внимание», но не успел он еще изготовить соответствующий проект, как нетерпеливый царь сделал более решительную пометку на губернаторских отчетах следующего года: «Вопрос этот желательно было бы решить окончательно». Тогда и Комитет министров проникся убеждением, «что возрастающий наплыв в учебные заведения нехристианского элемента оказывает самое вредное, в нравственно-религиозном отношении, влияние на христианских детей». Министерство народного просвещения наскоро изготовило проект в духе царской резолюции, что привело вскоре к знаменитой «процентной норме» в школах.
В центре системы репрессий оставались запреты, касающиеся жительства и передвижения, часто равносильные запрещению жить, лишению источников пропитания. В эту область майские «Временные правила» внесли большое разнообразие юридических пыток. Правила запрещали евреям на будущее время «вновь» селиться вне городов, но оставляли на местах жителей, поселившихся до 1882 года. Эти-то деревенские старожилы мозолили глаза юдофобам, мечтавшим о внезапном исчезновении еврейского элемента из русской деревни, — и вот пошли в ход административные меры выживания евреев из деревень. Выше уже говорилось о стараниях властей и конкурентов-христиан выселять евреев, как «порочных членов» сельской общины, силою крестьянских приговоров. Был придуман еще способ вытеснения: деревенского еврея, отлучившегося на некоторое время в город, полиция часто не пускала обратно в деревню, как «вновь поселяющегося». Бывали примеры, что семейства, уезжавшие, по обычаю, из деревни в соседний город на годовые праздники, для участия в синагогальном богослужении, встречали препятствия при возвращении домой, которое истолковывалось как «новое водворение». Был придуман еще такой юридический софизм: евреев, живших в наемных домах, полиция считала себя вправе выселить на том основании, что по истечении срока найма жильцы все равно подлежали бы выселению в силу запрета новых арендных договоров. На основании таких хитроумных толкований закона подлежало выселению в Черниговской и Полтавской губерниях до 10 тысяч евреев, которые в деревнях обыкновенно проживали в наемных домах или в своих, построенных на крестьянской земле. Вопль несчастных был услышан в Петербурге, куда они обратились с жалобою в Сенат. Указом Сената (январь 1884 г.) этот административный разгром был прекращен: выселение было приостановлено после того, как значительное число семейств было уже изгнано и разорено. Законом 1887 года было запрещено евреям переселяться из одной деревни в другую, что прикрепляло их к определенному месту жительства. «Это означало, — говорит современник, — что, если выгорит село, в котором жили евреи, или закроется фабрика, на которой они работали, они должны перебраться в города и местечки, не имея права искать себе пристанища и заработка в других сельских местностях. Точно так же дети лишены возможности приютить у себя овдовевшую мать или одряхлевших родителей, живущих в другом селе; сын, проживающий не в одном селении с отцом, не может вступить в заведование оставленным им торговым или промышленным заведением». Вся эта сеть ограничений, разорявшая еврея, приносила обильные доходы полицейским властям, от высших до низших. Только взятка, «российская конституция» того времени, спасала гонимого от произвола властей при применении ограничительных законов, и чиновники цепко держались за еврейское бесправие как за свою бенефицию.